Recogida de muestras
El diagnóstico de enfermedades infecciosas se realiza en un laboratorio de microbiología especializado en recogida de muestras.
facultad de medicina · salud pública
lun. 09 de ago. 2021
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El diagnóstico de las enfermedades infecciosas se realiza en un laboratorio de microbiología especializado. Para realizar los procedimientos correctos y lograr un exitoso análisis clínico, es necesaria la recogida de muestras representativas de la zona de donde se sospecha la infección. Esta se realiza siempre con las medidas de asepsia necesarias para no contaminar por medio del contacto.

Urinocultivo e ITS

Infecciones del tracto urinario

  • Es un cultivo cuantitativo de orina para evidenciar la presencia de infección en ITU.
  • Uno de los mayores retos en el diagnóstico de las ITUs en la edad pediátrica es obtener una muestra de orina que no esté contaminada.
  • La toma de muestra de orina ha de ser lo más aséptica posible para evitar contaminación de la muestra con la flora de la zona perineal.
  • Una vez recogida la muestra, se ha de enviar cuanto antes al laboratorio de microbiología para su procesamiento.
  • La muestra de orina ha de enviarse en un envase estéril de boca ancha o en tubos estériles con conservante (ácido bórico).

Tipos de muestras de orina

En pediatría se recomiendan diferentes métodos de realizar las tomas de muestras de orina:

  • Espontánea: en niños y niñas mayores capaces de lavarse bien y retirar sus genitales. Se ha recoger la orina de la porción media de la micción.
  • En bolsa colectora: en los niños más pequeños, previo lavado de la zona perianal, se coloca la bolsa y se recolecta la orina justo después de la micción. En caso de que pasen 30 minutos, cambiar bolsa hasta la recolección.
  • Sondaje vesical: cuando hay sospecha de ITU y los cultivos previos están contaminados. Puede causar trauma uretral e introducción mecánica de microorganismos a la vejiga.
  • Punción suprapúbica: indicada cuando hay sospecha de ITU por anaerobios y los casos de urinocultivos contaminados de repetición. Es la muestra de mejor calidad porque evita el paso de la orina a través del sistema genitourinario. Evita contaminaciones, pero también, es la más invasiva. Se ha de realizar con ayuda de ecografía. Se ha de indicar siempre la procedencia de la muestra para que ésta se procese en el laboratorio de la forma más adecuada.

Infecciones de transmisión sexual (ITS)

  • Las muestras han de recogerse sin lavado previo de la zona, sin emplear desinfectantes y evitando la microbiota comensal. Se emplean espéculos adecuados en cada caso.
  • Ante el hallazgo de ITS en niños prepúberes se ha de sospechar de un posible acoso sexual. Aunque en los niños pequeños, estas infecciones pueden ser adquiridas directamente de la madre durante el embarazo, el nacimiento o la lactancia.
  • El pediatra ha de ser muy cauto a la hora de realizar la exploración y toma de muestras del tracto genital.

Tracto gastrointestinal

  • Las infecciones gastrointestinales son una de las causas más importantes de morbimortalidad entre los lactantes y los niños.
  • Numerosos agentes infecciosos (bacterias, virus o parásitos) afectan directamente o por sus toxinas al tracto gastrointestinal (TGI), causando muy diversas sintomatologías.
  • El diagnóstico de certeza en el laboratorio de las infecciones gastrointestinales es difícil debido a la complejidad y el amplio abanico de agentes infecciosos.
  • Serán necesarias muestras de muy diferente naturaleza en función de los síntomas del paciente y del agente causal del que se sospeche.
  • El coprocultivo es el cultivo de elección para el aislamiento e identificación de bacterias enteropatógenas en heces. Se solicita cuando existan factores de riesgo (aspecto séptico, deshidratación, menor de 6 meses, inmunodepresión, viajes recientes, clínica prolongada de más de 1 semana o enfermedad de base) y en todos los pacientes ingresados (interés epidemiológico).
  • Las muestras de heces se pueden recoger en un contenedor estéril de boca ancha, con ayuda de un depresor.
  • Estas muestras no deben estar contaminadas con orina ni con otras sustancias de higiene del niño, como cremas, restos de toallitas, etc.
  • Para el diagnóstico de gastroenteritis víricas se ha de enviar una torunda sin medio de transponte. Se recomienda la detección rápida de antígenos en heces. También, pueden emplearse técnicas de PCR.
  • Para el estudio de agentes infecciosos más específicos, se recomienda el envío de biopsias del TGI.
  • Recientemente se han desarrollado paneles sindrómicos que amplifican el ácido nucléico de los agentes enteropatógenos, proporcionando en poco tiempo información del agente causal de la infección.

Parásitos y test de Graham

  • Las parasitosis intestinales son una causa frecuente de trastornos gastrointestinales en la infancia.
  • Protozoos (amebas, flagelados, ciliados, coccidios y microsporidios) y helmintos (nematodos, cestodos y trematodos) pueden provocar parasitosis a nivel GI.
  • Su diagnóstico se realiza fundamentalmente con la determinación de la presencia de protozoos, larvas o huevos de helmintos en las heces.
  • Se recomienda enviar al laboratorio tres muestras seriadas de heces en días alternos, en pacientes con diarrea prolongada (más de 4 días de duración) en los que no se detecten otros enteropatógenos.
  • Los datos clínico-epidemiológicos del paciente (edad, estado inmunológico, procedencia, o antecedente de un viaje a zona endémica, e ingestión de determinados alimentos) son muy útiles para orientar el diagnóstico.
  • Enterobius vermicularis es el más común de los helmintos en este medio. Afecta fundamentalmente a niños.
  • La presencia de huevos de Enterobius vermicularis en las heces es poco frecuente.
  • Las hembras del gusano adulto ponen huevos (50-60 µm) translúcidos en los márgenes anales, provocando prurito nocturno y bruxismo.
  • El diagnóstico se realiza demostrando la presencia de huevos en área perianal mediante el test de Graham.
  • Consiste en una tira adhesiva transparente que se pega en los márgenes anales del niño por la mañana al despertarse. La cinta se retira, se coloca sin pliegues sobre un portaobjetos y se observa al microscopio.
  • Es importante que la cinta sea transparente y que no contenga restos de heces, ni de cremas dermoprotectoras.

Hemocultivos

La detección de la bacteriemia y la fungemia constituye una de las prioridades del Servicio de Microbiología Clínica. Se da por su importancia diagnóstica y pronóstica. Se define como bacteriemia la presencia de bacterias en sangre que se pone de manifiesto mediante aislamiento de éstas en los hemocultivos.

De forma general se debe pedir un hemocultivo, siempre que exista sospecha clínica de bacteriemia. Se debe a que además de establecer el diagnóstico etiológico, permitirá elegir el tratamiento antibiótico más adecuado.

Instrucciones para la toma de muestras

Las muestras de sangre para hemocultivo convencional (HC) se siembran a la cabecera del enfermo en los frascos adecuados (uno aerobio y otro anaerobio). Debido a que en pediatría no siempre es posible la extracción de un volumen importante de sangre, existen frascos específicos para pediatría. La sangre debe extraerse mediante venopunción, evitándose la extracción a partir de dispositivos intravasculares. Sólo se realizarán extracciones a través del catéter. Si se sospecha una infección del mismo, la extracción de sangre del catéter debe ir acompañada de otra extracción tomada por venopunción.

Indicaciones

  • Se recomienda realizar hemocultivos cuando el paciente curse con picos febriles o escalofríos. La extracción debe coincidir con el inicio del pico febril (temperatura corporal ≥ 38°C) o con los escalofríos (momento óptimo).
  • La extracción de hemocultivos está indicada, asimismo, en niños pequeños o ancianos con disminución súbita de la vitalidad. En estas poblaciones pueden no presentarse los signos y síntomas típicos de la bacteriemia.
  • Siempre que sea posible, la extracción se realizará antes de iniciar el tratamiento antibiótico, o al menos, antes de la administración de la siguiente dosis.
  • Si existe sospecha de micobacterias, la extracción se realizará en los frascos correspondientes para micobacterias. Es recomendable contactar con el Servicio de Microbiología para que facilite el frasco adecuado.

Volumen

  • El volumen de sangre es el factor más importante para aumentar el rendimiento diagnóstico del hemocultivo.
  • Se ha descrito que por cada mililitro extra de sangre que se cultiva, se incrementa la tasa de positividad un 0,6-4,7%.
  • La inoculación de un volumen inadecuado (tanto por defecto como por exceso) supone una causa frecuente de falsos negativos del HC, habiéndose cifrado en >50% de los casos.
  • En el caso de los adultos (actualmente los adolescentes se pueden considerar adultos), se requieren entre 10 y 20 ml de sangre repartidos en los dos frascos (anaerobio y aerobio). En el de los niños en torno a 1-5 ml inoculados en un solo frasco aerobio.
  • En general, lo recomendado para los medios de cultivo más utilizados en pediatría es una dilución sangre-medio de cultivo de 1:5.
  • Como la mayoría de los frascos de HC pediátricos tienen 20 ml de medio, lo ideal sería extraer 4ml de sangre. No obstante, esta cantidad es complicada de extraer en neonatos y lactantes, por lo que se considera adecuada la extracción de 1 y 2 ml de sangre, respectivamente.
  • Si se puede obtener ≥10ml de sangre utilizar frascos de adulto.

Número de hemocultivos

  • Se recomienda realizar un mínimo de 2 extracciones (si es posible 3).
  • Aunque en principio no existe una recomendación concreta sobre tiempos de separación entre las extracciones, actualmente se considera que se puede acortar hasta intervalos de 10-30 minutos. En casos urgentes y graves se pueden hacer extracciones simultáneas en extremidades diferentes.
  • En los niños se realizará una sola extracción en un solo frasco pediátrico.
  • La extracción seriada de hemocultivos en pacientes pediátricos ha mostrado ser de poca utilidad, con excepción del paciente inmunodeprimido.

Pasos a seguir en la línea de extracción

  • La persona que realice la extracción debe lavarse las manos y usar guantes.
  • Hay que identificar los frascos con los datos del paciente (sin tapar el código de barras de los HC).
  • Retirar las cápsulas externas de los frascos, desinfectar los tapones de goma con etanol y dejarlos secar durante 1 minuto aproximadamente.
  • Localizar la vena para realizar la punción y desinfectar la piel de la zona con etanol de 70° (dejar secar 30 segundos). Cubrir un área circular de 2-4 cm. A continuación, aplicar povidona yodada y dejar secar durante 1 minuto.
  • Realizar la punción y extraer la sangre sin volver a tocar el campo desinfectado. Si fuese necesario volver a palpar la vena, debe desinfectarse de nuevo con el mismo procedimiento. Al sacar la aguja, ésta no debe contactar con algodón u otro material no estéril.
  • Introducir la sangre en los frascos sin cambiar la aguja, evitando que entre aire en los frascos para anaerobios.
  • Indicar la sospecha diagnóstica en el volante. Los tiempos de incubación para los HC en general son de 5 días, pero en situaciones especiales, la incubación se puede prolongar más días.
  • Remitir los frascos lo antes posible al Servicio de Microbiología para su procesamiento. En ningún caso se deben refrigerar los frascos. Si el transporte se demorara, los frascos deberán permanecer a temperatura ambiente.

Catéteres

Las infecciones asociadas a  catéteres intravasculares pueden ser:

  1. Locales: se producen en el extremo de salida del catéter o como infección del túnel (infección que se extiende entre la piel y  tejido subcutáneo a lo largo del catéter insertado).
  2. Sistémicas: a través del torrente sanguíneo.

Para el diagnóstico de la infección asociada a catéter hay dos posibilidades:

Diagnóstico sin retirada del catéter

  • En los últimos años han aparecido diferentes trabajos que han confirmado que los hemocultivos que miden la diferencia de tiempo del crecimiento bacteriano (o fúngico) tienen diferentes resultados según el lugar en que se realice la toma. Es decir, en catéter (de corta o larga duración) y venopunción.
  • Ambos constituyen un método muy sensible y específico para la confirmación de bacteriemia asociada. Los hemocultivos positivos tomados de catéter, si el tiempo es inferior a 2 h frente a los tomados de venopunción, puede indicar bacteriemia asociada a catéter.
  • Otras técnicas dirigidas al diagnóstico de la infección sin retirada del catéter, como son los cultivos superficiales (piel, conexión o trayecto subcutáneo) y el cepillado intraluminal, en ocasiones pueden ser útiles.

Diagnóstico tras retirada del catéter

  • Consiste en la retirada del catéter y posterior cultivo de los 2-4 centímetros distales que corresponden a la porción intravascular.
  • La técnica más utilizada es la del rodamiento en placa (técnica de Maki) del segmento distal del catéter.
  • Fue validada inicialmente en catéteres de corta duración. Estudios posteriores han confirmado una sensibilidad del 84% y especificidad del 85%.
  • No obstante, para poder confirmar el diagnóstico de bacteriemia asociada a catéter, se debe aislar el mismo microorganismo en hemocultivos obtenidos por venopunción directa y en los obtenidos por catéter.
  • La coincidencia en especies microbianas detectadas en cultivos de exudados purulentos del sitio de inserción de un catéter y de los hemocultivos es muy importante para establecer el diagnóstico definitivo del foco de origen de la infección.

Recogida de la muestra

  • Desinfectar con alcohol de 70° una zona de la piel, de unos 10 cm, correspondientes a la zona de entrada del catéter.
  • Repetir la misma operación con povidona yodada dejando que se seque durante un minuto.
  • Retirar el catéter con la máxima asepsia.
  • Con la ayuda de pinzas y tijeras estériles, cortar el extremo intravascular (2-4 cm).
  • Introducir el segmento del catéter en un recipiente estéril correctamente identificado, a ser posible un contenedor de boca ancha.
  • La muestra deberá enviarse al laboratorio lo más pronto posible.
  • Si no es posible, conservar en nevera a 2-8 °C hasta un máximo de 24 horas.

Sistema ocular

  • Las infecciones del sistema ocular en pediatría son de gran importancia. Si no se diagnostican a tiempo, pueden presentar graves secuelas. Incluso ceguera.
  • Las conjuntivitis bacterianas y víricas son las más frecuentes.
  • Otras entidades clínicas son: queratitis infecciosa, uveítis, retinitis, corioretinitis, endoftalmitis y celulitis orbitales.
  • Cuando son muestras invasivas, se ha de realizar la toma en oftalmología pediatría empleando anestesia general.
  • Son muestras para el estudio de infecciones del sistema ocular según la sospecha clínica:
    • Conjuntivitis: Exudado conjuntival de ambos ojos.
    • Endoftalmitis: Líquido intraocular: humor vítreo y humor acuoso.
    • Queratitis: Raspado corneal.
    • Celulitis orbitales: exudado conjuntival, exudado de lesiones oculares y del saco lacrimal.
  • Una vez tomada la muestra se ha de enviar cuanto antes al laboratorio para su procesamiento.

Tracto respiratorio

Superior

  • Las infecciones del tracto respiratorio superior (ITRS) en niños, son la mayor causa de consulta en pediatría en este medio.
  • Las ITRS abarcan las vías respiratorias altas, cavidad bucal, nasofaringe, senos, oído medio y laringe.
  • Las ITRS agudas incluyen: resfriado común, rinosinusitis, otitis media, faringitis, tonsilitis, laringitis y laringotraqueítis.
  • Generalmente son infecciones no complicadas de origen vírico, autolimitadas y en gran mayoría de los casos no es necesario tratamiento antibiótico.
  • En niños provenientes de países extranjeros se ha de sospechar de agentes infecciosos poco frecuentes en este medio.
  • En aquellos niños que presenten ITRS severa y/o recurrente, con complicaciones serias, se ha de considerar una posible inmunodeficiencia.

Recomendaciones en pediatría

  • Para obtener una muestra representativa de exudado bucal, se recomienda que el niño se enjuague la boca previamente con agua.
  • Para la toma de exudado faríngeo, se ha de realizar con un foco de luz y un depresor lingual. Recoger la muestra preferentemente de los pilares amigdalares y amigalas con con pus, exudado o membranas, evitando rozar la parte interna de la cavidad bucal, labios, lengua o úvula.
  • Para la toma correcta del exudado o aspirado nasofaríngeo, es importante que el niño esté en ayunas dos horas antes.
  • Si se quiere cultivar Bordetella pertussis y B parapertussis, las placas de cultivo se han de sembrar inmediatamente.
  • Los cultivos de los exudados nasales no son útiles para el diagnóstico etiológico de sinusitis No se pueden sustituir por una punción de seno, que es la muestra de elección. La punción de los senos se ha de realizar con aguja fina por personal especializado.

Inferior

  • Las infecciones pediátricas del tracto respiratorio en este medio son las más comunes. La gran mayoría se producen en el tracto respiratorio superior. Sólo un 5% se producen en el tracto respiratorio inferior (TRI) y laringe.
  • Las ITRI se producen principalmente en el primer año de vida.
  • Aparecen con más frecuencia en los meses fríos, destacando por su gravedad los brotes epidémicos de bronquiolitis y neumonía por Virus Respiratorio Sincitial (VRS) en invierno y primavera.
  • La toma de muestras del TRI no es tarea fácil. En niños mayores se puede obtener esputos espontáneos, pero en niños más pequeños es muy difícil que sean capaces de seguir las recomendaciones para obtener muestras representativas del TRI.
  • Hay una gran variedad de muestras del TRI que se pueden enviar al laboratorio para su análisis microbiológico.
  • Son muestras del ITRI: Esputo espontáneo, esputo inducido, aspirado traqueal, aspirado gástrico (para micobacterias), broncoaspirado, Lavado broncoalveolar, cepillado bronquial, biopsia transbronquial, líquido pleural y biopsia pulmonar y bronquial.
  • Estas muestras han de ser representativas de la zona de la infección y han de estar lo menos contaminada posible con la flora de la orofarínge.
  • Para el estudio de Mycobacterium tuberculosis y otras micobacterias, la muestra de elección en el niño que no es capaz de expulsar el esputo y deglute el material expectorado, es el aspirado gástrico de primera hora de la mañana.
  • Para el estudio de ITRI por M. tuberculosis se han de enviar al laboratorio tres muestras recogidas en tres días consecutivos. Esto aumenta la rentabilidad de los cultivos.
  • La incidencia de neumonía por Legionella en la infancia no es bien conocida. Ante su sospecha, hay que informar al laboratorio para que los siembren en medios específicos. También, se ha de solicitar la detección del antígeno en orina.

Líquido cefalorraquídeo

  • La extracción del líquido cefalorraquídeo (LCR) se realizará, tras desinfección del campo con clorhexidina o povidona yodada, mediante punción lumbar (PL).
  • En caso de derivaciones externas, la muestra se recogerá a través de catéter ventricular o lumbar. En el caso de derivaciones internas por punción del reservorio, válvula o catéter distal externalizado.
  • Se recomienda la extracción de la muestra antes de iniciar cualquier terapia antimicrobiana.
  • Al llegar al espacio subaracnoideo, el LCR se recogerá en 3 tubos estériles con cierre hermético sin medio de transporte (sin conservante).
  • Generalmente el primer tubo es para estudio bioquímico, el segundo para estudio microbiológico (virus y bacterias) y el tercero para investigación de células anómalas (que suele ser el más transparente, aunque la punción haya sido traumática). No obstante el tubo más turbio se enviará a Microbiología.
  • En el caso de que la sospecha de meningitis sea bacteriana, se solicitarán simultáneamente hemocultivos.
  • Es necesario que el médico señale claramente en el volante las investigaciones solicitadas.

Volumen de la muestra

  • Para el estudio bacteriológico rutinario es suficiente 1 ml.
  • Para hongos o micobacterias se necesitan al menos 2 ml adicionales por cada uno de los estudios.
  • Para estudio de virus se necesitan 2 ml más.

Transporte

  • El LCR debe ser transportado “en mano” inmediatamente al laboratorio de Microbiología, pues alguno de los agentes etiológicos como S. pneumoniae pueden lisarse rápidamente.
  • En caso de retrasarse el envío, la muestra se mantendrá en estufa a 35-37°C para cultivos convencionales (bacterias y hongos) y nunca refrigerada.
  • En el caso de cultivo de virus, micobacterias o detección de ácidos nucléicos, se conservará refrigerado (2-8°C).

Piel y tejidos blandos

  • Las infecciones de piel y tejidos blandos pueden afectar individualmente o en combinación a la epidermis, dermis, tejido subcutáneo, fascias y músculo esquelético.
  • Son afectaciones muy frecuentes en el niño.
  • Estas patologías se clasifican según el mecanismo de infección en:
    • Primarias: originada directamente sobre la de la piel íntegra o con pequeñas alteraciones. Foliculitis, paroniquia, abscesos subcutáneos.
    • Secundarias: infecciones producidas en piel quemada o previamente afectada por mordeduras, picaduras, etc. Puede extenderse a tejidos subcutáneos.
    • Terciarias: por diseminación hematógena o a través de los ganglios linfáticos desde focos distantes. Involucran a tejidos dérmicos más profundos y a epidermis.
  • Bacterias, virus, hongos y parásitos son capaces de producir infecciones en piel y tejidos blandos. Por ende, el pediatra ha de ser capaz de llegar a un diagnóstico de certeza en cada caso.
  • El agente causal que con mayor frecuencia está involucrado en las infecciones de piel y tejidos blandos en el niño es Staphylococcus aureus resistente a meticilina.

Infecciones osteoarticulares

La infección osteoarticular es cuando la localización ósea se denomina osteomielitis y la localización articular es la artritis séptica. Se observa que en al menos un 30% de los pacientes existe osteomielitis y artritis al mismo tiempo. Esto implica que las muestras para el estudio microbiológico puedan ser sólidas (biopsias) o líquidas. En ambos casos, las muestras se han de obtener con la máxima asepsia.

Osteomielitis

  • Las muestras pueden ser biopsias cuando es posible la toma de tejido, o líquidos como en los abscesos subperiósticos. Son más frecuentes en niños.
  • En ambos casos, las muestras serán remitidas en tubo o en contenedor estéril. En el caso de las biopsias, con unas gotas de suero fisiológico para evitar la desecación.
  • En el caso de que sea imposible tomar muestra de tejido, se puede utilizar un escobillón con medio de transporte para las superficies óseas o articulares.

Artrítis séptica

  • Las muestras de líquido articular suelen ser obtenidas generalmente por punción y/o cirugía.
  • La muestra debe recogerse con la máxima asepsia y remitida en tubo o contenedor estéril.
  • Las muestras líquidas también pueden ser remitidas en frascos de hemocultivos, siguiendo el mismo procedimiento que cuando se inocula sangre.
  • La siembra en frascos de hemocultivos es muy recomendable en caso de sospecha de Kingella kingae.
  • En cualquier caso, en el laboratorio de Microbiología se hace una siembra en frascos de hemocultivos para microorganismos más exigentes o de crecimiento lento.
  • Si se sospecha una infección fúngica o tuberculosa hay que informarlo al microbiólogo para que se realice una siembra dirigida al cultivo de estos microorganismos.

Médula ósea

Indicaciones

  • Infecciones fúngicas: histoplasmosis, criptococosis, candidiasis diseminada.
  • Infecciones bacterianas: tuberculosis, brucelosis.
  • Infecciones parasitarias: leishmaniasis.
  • Infecciones víricas: parvovirus, citomegalovirus.

Material y transporte

  • Lo ideal sería contactar con el Servicio de Microbiología para disponer de los medios de cultivo y realizar la siembra tras la punción:
    • Bacterias/hongos: envase estéril o botellas de hemocultivo.
    • Micobacterias: frascos de cultivo específicos.
    • Parásitos: envase estéril.
    • Virus: envase estéril.
  • Las muestras para virus requieren refrigeración, especialmente si el transporte al laboratorio de Microbiología se va a demorar más de 24 horas. En este caso, se requiere un congelador de -60/80°C.

Infectología

Las enfermedades infecciosas pueden estudiarse a través de diferentes disciplinas medicinales. Por ejemplo, en el Máster en Infectología Clínica y Terapéutica Antibiótica o en el Máster en Infectología Clínica y Terapéutica Antibiótica Avanzada se ofrece información actualizada sobre las técnicas de intervención y las recomendaciones de abordaje en dichos casos.

Como puede intuirse, TECH Universidad Tecnológica también ha creado el Máster en Infectología pediátrica, el cual está 100% enfocado en el planteamiento de unas herramientas terapéuticas que, en muchas ocasiones, estará relacionado con antibacterianos, antivíricos o antifúngicos. La emergencia de atender a estas enfermedades infecciosas dispone estos posgrados como la opción perfecta para que un profesional se destaque en su sector.

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