Qualificação universitária
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Apresentação do programa
Esta capacitação irá criar uma sensação de segurança no desempenho da prática médica, que o ajudará a crescer a nível pessoal e profissional”
A escala e a complexidade dos dados genómicos diminuem as medidas tradicionalmente usadas em testes de laboratório. Nos últimos anos, registou-se um enorme desenvolvimento da tecnologia informática para analisar e interpretar a sequenciação de ADN, o que criou um desfasamento entre o conhecimento biológico e a sua aplicação na prática clínica. É, portanto, necessário educar, divulgar e também incorporar estas técnicas informáticas entre a comunidade médica para poder interpretar a análise massiva de dados provenientes de publicações, bases de dados biológicos ou médicos e historiais clínicos, entre outros, e assim poder enriquecer a informação biológica disponível a nível clínico.
Esta aprendizagem automática permitirá o desenvolvimento da Oncologia de Precisão, com o objetivo de interpretar as caraterísticas genómicas e encontrar terapias específicas, ou identificar os riscos de certas doenças e estabelecer medidas preventivas mais individualizadas. Um objetivo fundamental da capacitação é aproximar e divulgar conhecimentos informáticos, já aplicados noutras áreas do conhecimento, mas que têm uma implementação mínima no mundo da medicina, apesar de, para que a Medicina Genómica se torne uma realidade, ser necessário interpretar com precisão o enorme volume de informação clínica atualmente disponível e associá-lo aos dados biológicos gerados após uma análise bioinformática. Embora este seja um desafio difícil, isto permitirá que os efeitos da variação genética e potenciais terapias sejam explorados rapidamente, de forma económica e com maior precisão do que é possível atualmente.
Os humanos não estão naturalmente equipados para perceber e interpretar sequências genómicas, nem para compreender todos os mecanismos, vias e interações que ocorrem no interior de uma célula viva, nem para tomar decisões médicas com dezenas ou centenas de variáveis. Para avançar, é necessário um sistema com capacidade analítica sobre-humana que simplifique o ambiente de trabalho e que mostre as relações e proximidades entre as variáveis. Em Genómica e Biologia, sabe-se que é melhor gastar os recursos em novas técnicas computacionais do que na mera recolha de dados, algo que possivelmente também se aplica à Medicina e, claro, à Oncologia.
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- Conta com exercícios práticos onde o processo de autoavaliação pode ser levado a cabo a fim de melhorar a aprendizagem
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- Tal será complementado por aulas teóricas, perguntas ao especialista, fóruns de discussão sobre temas controversos e atividades de reflexão individual
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A conceção desta capacitação baseia-se na Aprendizagem Baseada nos Problemas, através da qual o estudante deverá tentar resolver as diferentes situações da atividade profissional que surgem ao longo do Curso de especialização. Para isso, o estudante contará com a ajuda de um inovador sistema de vídeo interativo, realizado por especialistas reconhecidos na área da Oncologia Genómica e de Precisão e com ampla experiência de ensino.
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Plano de estudos
A estrutura dos conteúdos foi concebida por uma equipa de profissionais dos melhores centros educativos, universidades e empresas em Espanha, conscientes da relevância da capacitação atual para poder intervir na formação e acompanhamento dos estudantes, e empenhados no ensino de qualidade através das novas tecnologias educativas
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Módulo 1. Biologia Molecular
1.1. Mecanismos moleculares do cancro
1.1.1. Ciclo celular
1.1.2. Destacamento de células tumorais
1.2. Reprogramação do microambiente tumoral
1.2.1. O microambiente tumoral: uma visão geral
1.2.2. O TME como um fator prognóstico no cancro do pulmão
1.2.3. O TME na progressão e metástases do cancro do pulmão
1.2.3.1. Fibroblastos associados ao cancro(CAF)
1.2.3.2. Células endoteliais
1.2.3.3. Hipóxia no cancro do pulmão
1.2.3.4. Inflamação
1.2.3.5. Células imunológicas
1.2.4. Contribuição do TME na resistência terapêutica
1.2.4.1. Contribuição do TME na resistência à radioterapia
1.2.5. O TME como um alvo terapêutico no cancro do pulmão
1.2.5.1. Orientações futuras
1.3. Imunologia tumoral: Fundamentos da imunoterapia contra o cancro
1.3.1. Introdução ao sistema imunitário
1.3.2. Imunologia tumoral
1.3.2.1. Antígenos associados aos tumores
1.3.2.2. Identificação de antígenos associados aos tumores
1.3.2.3. Tipos de antígenos associados aos tumores
1.3.3. Fundamentos da imunoterapia contra o cancro
1.3.3.1. Introdução às abordagens imunoterapêuticas
1.3.3.2. Anticorpos monoclonais na terapia do cancro
1.3.3.2.1. Produção de anticorpos monoclonais
1.3.3.2.2. Tipos de anticorpos terapêuticos
1.3.3.2.3. Mecanismos de ação dos anticorpos
1.3.3.2.4. Anticorpos modificados
1.3.4. Imunomoduladores não específicos
1.3.4.1. Bacilo de Calmette Guérin
1.3.4.2. Interferon-α
1.3.4.3. Interleucina-2
1.3.4.4.Imiquimod
1.3.5. Outras abordagens da imunoterapia
1.3.5.1. Vacinas contra células dendríticas
1.3.5.2. Sipuleucel-T
1.3.5.3. Bloqueio CTLA-4
1.3.5.4. Terapia adotiva com células T
1.3.5.4.1. Terapia celular adotiva com clones de células T
1.3.5.4.2. Terapia celular adotiva com linfócitos infiltrantes tumorais
1.4. Mecanismos moleculares envolvidos no processo de invasão e metástase
Módulo 2. Oncologia Genómica ou de Precisão
2.1. Utilidade do perfil de expressão genética no cancro
2.2. Subtipos moleculares do cancro da mama
2.3. Plataformas genómicas de prognóstico-predição no cancro da mama
2.4. Alvos terapêuticos no cancro do pulmão de células não pequenas
2.4.1. Introdução
2.4.2. Técnicas de deteção molecular
2.4.3. Mutação EGFR
2.4.4. Translocação ALK
2.4.5. Translocação ROS
2.4.6. Mutação BRAF
2.4.7. Rearranjos de NRTK
2.4.8. Mutação HER2
2.4.9. Mutação/Amplificação de MET
2.4.10. Rearranjos do RET
2.4.11. Outros alvos moleculares
2.5. Classificação molecular do cancro do cólon
2.6. Estudos moleculares no cancro gástrico
2.6.1. Tratamento do cancro gástrico avançado
2.6.2. Sobreexpressão de HER2 no cancro gástrico avançado
2.6.3. Determinação e interpretação da sobreexpressão de HER2 no cancro gástrico avançado
2.6.4. Medicamentos com atividade direcionada ao HER2
2.6.5. Trastuzumab de primeira linha no cancro gástrico avançado
2.6.5.1. Tratamento do cancro gástrico avançado HER2+ após progressão para regimes à base de trastuzumab
2.6.6. Atividade de outros medicamentos anti-HER2 no cancro gástrico avançado
2.7. O GIST como modelo para a investigação translacional: 15 anos de experiência
2.7.1. Introdução
2.7.2. Mutações do KIT e PDGFRA como principais promotores no GIST
2.7.3. Genótipo em GIST: valor prognóstico e preditivo
2.7.4. Genótipo no GIST e resistência ao imatinib
2.7.5. Conclusões
2.8. Biomarcadores moleculares e genómicos no melanoma
2.9. Classificação molecular dos tumores cerebrais
2.10. Biomarcadores moleculares e genómicos no melanoma
2.11. Imunoterapia e biomarcadores
2.11.1. Cenário das terapias imunológicas no tratamento do cancro e necessidade de definir o perfil mutacional do tumor
2.11.2. Biomarcadores do inibidor do ponto de controlo: PD-L1 e mais além
2.11.2.1. O papel de PD-L1 na regulação imunitária
2.11.2.2. Dados de ensaios clínicos e biomarcador PD-L1
2.11.2.3. Limiares e ensaios para a expressão de PD-L1: um quadro complexo
2.11.2.4. Biomarcadores emergentes
2.11.2.4.1. Carga Mutacional Tumoral (TMB)
2.11.2.4.1.1. Quantificação da carga mutacional tumoral
2.11.2.4.1.2. Evidência da carga mutacional tumoral
2.11.2.4.1.3. Carga tumoral como biomarcador preditivo
2.11.2.4.1.4. Carga tumoral como biomarcador de prognóstico
2.11.2.4.1.5. O futuro da carga mutacional
2.11.2.4.2. Instabilidade dos microssatélites
2.11.2.4.3. Análise do infiltrado imune
2.11.2.4.4. Marcadores de toxicidade
2.11.2.5. Desenvolvimento de medicamentos para o ponto de controlo imunitário no cancro
2.11.2.6. Medicamentos disponíveis
Módulo 3. Mudanças na prática clínica atual e novas aplicações em Oncologia Genómica
3.1. Biópsias líquidas: moda ou futuro?
3.1.1. Introdução
3.1.2. Células tumorais circulantes
3.1.3. ctDNA
3.1.4. Utilidades clínicas
3.1.5. Limitações do ctDNA
3.1.6. Conclusões e futuro
3.2. Papel do Biobanco na investigação clínica
3.2.1. Introdução
3.2.2. Vale a pena o esforço para montar um Biobanco?
3.2.3. Como começar a montar um Biobanco?
3.2.4. Consentimento informado para o Biobanco
3.2.5. Recolha de amostras para o Biobanco
3.2.6. Controlo da qualidade
3.2.7. Acesso às amostras
3.3. Ensaios clínicos: novos conceitos baseados na Medicina de Precisão
3.3.1. O que são ensaios clínicos? Como se diferenciam de outros tipos de investigações?
3.3.1.1. Tipos de ensaios clínicos
3.3.1.1.1. De acordo com os seus objetivos
3.3.1.1.2. De acordo com o número de centros participantes
3.3.1.1.3. De acordo com a metodologia
3.3.1.1.4. De acordo com o grau de mascaramento
3.3.2. Resultados dos ensaios clínicos em Oncologia Torácica
3.3.2.1. Relacionado com o tempo de sobrevivência
3.3.2.2. Resultados relacionados com o tumor
3.3.2.3. Resultados comunicados pelos doentes
3.3.3. Ensaios clínicos na era da Medicina de Precisão
3.3.3.1. Medicina de Precisão
3.3.3.2. Terminologia relacionada com a conceção de ensaios na era da Medicina de Precisão
3.4. Incorporação de marcadores acionáveis na prática clínica
3.5. Aplicação da genómica na prática clínica por tipo de tumor
3.6. Sistemas de apoio à tomada de decisão em Oncologia baseados em Inteligência Artificial
Módulo 4. Novas técnicas na era genómica
4.1. Entender a nova tecnologia: Next Generation Sequence (NGS) na prática clínica
4.1.1. Introdução
4.1.2. Antecedentes
4.1.3. Problemas na aplicação da Sequenciação de Sanger em Oncologia
4.1.4. Novas técnicas de sequenciação
4.1.5. Vantagens da utilização de NGS na prática clínica
4.1.6. Limitações da utilização de NGS na prática clínica
4.1.7 Termos e definições pertinentes
4.1.8. Tipos de estudos de acordo com o tamanho e profundidade
4.1.8.1. Genomas
4.1.8.2. Exomas
4.1.8.3. Painéis multigénicos
4.1.9. Etapas da sequenciação NGS
4.1.9.1. Preparação de amostras e bibliotecas
4.1.9.2. Preparação de Templates e sequenciação
4.1.9.3. Processamento bioinformático
4.1.10. Anotação e classificação de variantes
4.1.10.1. Bases de dados da população
4.1.10.2. Bases de dados específicas do local
4.1.10.3. Preditores bioinformáticos de funcionalidade
4.2. Sequenciação de ADN e análise bioinformática
4.2.1. Introdução
4.2.2. Software
4.2.3. Procedimento
4.2.3.1. Extração de sequências brutas
4.2.3.2. Alinhamento de sequências
4.2.3.3. Refinamento do alinhamento
4.2.3.4. Chamada de variantes
4.2.3.5. Filtragem de variantes
4.3. Sequenciação de ARN e análise bioinformática
4.3.1. Introdução
4.3.2. Software
4.3.3. Procedimento
4.3.3.1. Avaliação de CQ de dados brutos
4.3.3.2. Filtragem rRNA
4.3.3.3. Dados filtrados de controlo de qualidade
4.3.3.4. Corte de qualidade e remoção do adaptador
4.3.3.5. Alinhamento de reads a uma referência
4.3.3.6. Chamada de variantes
4.3.3.7. Análise da expressão genética diferencial
4.4. Tecnologia ChIP-Seq
4.4.1. Introdução
4.4.2. Software
4.4.3. Procedimento
4.4.3.1. Descrição do conjunto de dados da CHiP-Seq
4.4.3.2. Obter informações sobre a experiência nos sites GEO e SRA
4.4.3.3. Controlo de qualidade dos dados de sequenciação
4.4.3.4. Corte e filtragem de reads
4.4.3.5. Visualização dos resultados com Integrated Genome Browser (IGV)
4.5. Big Data aplicado à Oncológica Genómica
4.5.1. O processo de análise de dados
4.6. Servidores genómicos e bancos de dados de variantes genéticas
4.6.1. Introdução
4.6.2. Servidores genómicos da Web
4.6.3. Arquitetura dos servidores genómicos
4.6.4. Recuperação e análise de dados
4.6.5. Personalização
4.7. Anotação de variantes genéticas
4.7.1. Introdução
4.7.2. O que é a chamada de variante?
4.7.3. Compreender o formato VCF
4.7.4. Identificadores de variantes
4.7.5. Análise de variantes
4.7.6. Previsão do efeito da variação na estrutura e função da proteína
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