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Module 1. Principes de la microbiologie

1.1. Introduction à la microbiologie

1.1.1. Concept de microbiologie et aspects historiques
1.1.2. Modèle de cellule procaryote

1.1.2.1. Morphologie
1.1.2.2. Structure et fonction

1.1.3. Importance des micro-organismes dans la société

1.2.  Observation des micro-organismes Microscopie et coloration

1.2.1. Concepts de base de la microscopie
1.2.2. Types de microscopes: structure et fonction 

1.2.2.1. Microscope optique
1.2.2.2. Microscope électronique
1.2.2.3. Microscope à fluorescence

1.2.3. Types de colorations les plus utilisées en microbiologie

1.2.3.1. La coloration de Gram
1.2.3.2. Coloration des endospores
1.2.3.3. Coloration du bacille acido-rapide résistant à l'alcool (BAAR)

1.3.  Croissance et contrôle microbiens

1.3.1. Types de métabolisme chez les procaryotes
1.3.2. Courbe de croissance bactérienne
1.3.3. Techniques d'isolement et de conservation des micro-organismes
1.3.4. Facteurs affectant la croissance microbienne 

1.3.4.1. Agents bactériostatiques et bactéricides
1.3.4.2. Agents environnementaux

1.4. Génétique et taxonomie bactériennes

1.4.1. Mécanismes d'échange génétique

1.4.1.1. Transformation
1.4.1.2. Conjugaison
1.4.1.3. Transduction et bactériophages

1.4.2. Mutations du génome bactérien
1.4.3. Concepts de base de la systématique et classification
1.4.4. Méthodes de classification des bactéries

1.5. Pathogenèse des micro-organismes et du microbiote

1.5.1. Le microbiote et son importance
1.5.2. Mécanismes de la pathogenèse

1.5.2.1. Facteurs de virulence: capsule et lipopolysaccharide
1.5.2.2. Voies de dissémination des micro-organismes

1.5.3. Toxi-infections et intoxications alimentaires
1.5.4. Maladies microbiennes d'origine alimentaire

1.6. Virus

1.6.1. Caractéristiques générales: structure et composition
1.6.2. Classification des virus
1.6.3. Cycles de vie des virus et cultures
1.6.4. Mécanismes de pathogenèse associés aux virus alimentaires
1.6.5. Types d'antiviraux

1.7. Champignons

1.7.1. Caractéristiques générales: structure et composition
1.7.2. Classification des champignons

1.7.2.1. Ascomycètes
1.7.2.2. Deutéromycètes
1.7.2.3. Basidiomycètes
1.7.2.4. Zygomycètes

1.7.3. Mécanismes de pathogenèse associés aux champignons alimentaires

1.7.3.1. Types de mycotoxines

1.7.4. Types d'antifongiques

1.8. Immunologie microbiologique: Antigènes et anticorps

1.8.1. Contexte de l'immunologie 
1.8.2. Types de réponse immunitaire

1.8.2.1. Réponse innée
1.8.2.2. Réponse adaptative
1.8.2.3. Régulation du système immunitaire

1.8.3. Structure et fonction des anticorps
1.8.4. Méthodes d'évasion du système immunitaire

1.9. Épidémiologie et prophylaxie

1.9.1.  Contexte de l'épidémiologie
1.9.2.  Chaîne épidémiologique et concept de santé
1.9.3.  Épidémiologie et mesures préventives des maladies infectieuses dans les denrées alimentaires
1.9.4. Maladies infectieuses dans les denrées alimentaires

1.10. Principaux micro-organismes d'intérêt alimentaire

1.10.1. Développement des micro-organismes dans l'alimentation
1.10.2. Types de micro-organismes dans les aliments

1.10.2.1. Microbes de détérioration
1.10.2.2. Microbes pathogènes
1.10.2.3. Microbes bénéfiques

1.10.3. Maladies transmises par les aliments

Module 2. Microbiologie et hygiène alimentaire

2.1. Introduction à la microbiologie alimentaire

2.1.1. Histoire de la microbiologie alimentaire
2.1.2. Diversité microbienne : archées et bactéries
2.1.3. Les relations phylogénétiques entre les organismes vivants
2.1.4. Classification et nomenclature microbiennes
2.1.5. Les micro-organismes eucaryotes: algues, champignons et protozoaires
2.1.6. Virus

2.2. Principales techniques en microbiologie alimentaire

2.2.1. Stérilisation et méthodes aseptiques
2.2.2. Milieux de culture: liquides et solides, synthétiques ou définis, complexes, différentiels et sélectifs
2.2.3. Isolement des cultures pures
2.2.4. Croissance microbienne dans les cultures discontinues et continues
2.2.5. Influence des facteurs environnementaux sur la croissance
2.2.6. Microscopie optique
2.2.7. Préparation et coloration des échantillons
2.2.8. Microscopie à fluorescence
2.2.9. Microscopie électronique à transmission et à balayage

2.3. Métabolisme microbien

2.3.1. Les moyens d'obtenir de l'énergie
2.3.2. Micro-organismes phototrophes, chimiolithotrophes et chimiolithoautotrophes
2.3.3. Catabolisme des glucides
2.3.4. Dégradation du glucose en pyruvate (glycolyse, voie de la pentose-phosphate et voie d'Entner-Doudoroff)
2.3.5. Catabolisme des lipides et des protéines
2.3.6. Fermentation
2.3.7. Types de fermentation
2.3.8. Le métabolisme respiratoire: respiration aérobie et respiration anaérobie

2.4. Altération microbienne des aliments

2.4.1. Écologie microbienne des aliments
2.4.2. Sources de contamination des aliments
2.4.3. Contamination fécale et contamination croisée
2.4.4. Facteurs influençant l'altération microbienne
2.4.5. Métabolisme microbien dans les aliments
2.4.6. Contrôle de l'altération et méthodes de conservation

2.5. Maladies d'origine alimentaire d'origine microbienne

2.5.1. Infections d'origine alimentaire: transmission et épidémiologie
2.5.2. Salmonellose
2.5.3. Fièvre typhoïde et paratyphoïde
2.5.4. Entérite à Campylobacter
2.5.5. Dysenterie bacillaire
2.5.6. Diarrhée causée par des souche d’ E. coli virulentes
2.5.7. Yersiniosis
2.5.8. Infections à Vibrio

2.6. Maladies protozoaires et helminthes transmises par l'alimentation

2.6.1. Caractéristiques générales des protozoaires
2.6.2. Dysenterie amibienne
2.6.3. Giardiosis
2.6.4. Toxoplasmose
2.6.5. Cryptosporidiose
2.6.6. Microsporidiose
2.6.7. Les helminthes d'origine alimentaire: vers plats et vers ronds

2.7. Virus, prions et autres risques biologiques d'origine alimentaire

2.7.1. Propriétés générales des virus
2.7.2. Composition et structure du virus: capside et acide nucléique
2.7.3. Croissance et culture du virus
2.7.4. Cycle de vie des virus (cycle lytique): Phases d'adsorption, de pénétration, d'expression génétique, de réplication et de libération
2.7.5. Alternatives au cycle lytique: lysogénie chez les bactériophages, infections latentes, infections persistantes et transformation tumorale chez les virus animaux
2.7.6. Viroïdes, virusoïdes et prions
2.7.7. Présence de virus dans les aliments
2.7.8. Caractéristiques des virus d'origine alimentaire
2.7.9. Hépatite A
2.7.10. Rotavirus
2.7.11. Empoisonnement aux scombridés

2.8. Analyse microbiologique des aliments

2.8.1. Techniques d'échantillonnage et échantillonnage
2.8.2. Valeurs de référence
2.8.3. Micro-organismes indicateurs
2.8.4. Comptage microbiologique
2.8.5. Détermination des micro-organismes pathogènes
2.8.6. Techniques de dépistage rapide en microbiologie alimentaire
2.8.7. Techniques moléculaires: PCR conventionnelle et PCR en temps réel
2.8.8. Les techniques imunologiques

2.9. Les micro-organismes bénéfiques dans les aliments

2.9.1. Fermentations alimentaires: le rôle des micro-organismes dans la production alimentaire
2.9.2. Les micro-organismes comme compléments alimentaires
2.9.3. Conservateurs naturels
2.9.4. Systèmes de conservation biologique des aliments
2.9.5. Bactéries probiotiques

2.10. Biologie cellulaire microbienne

2.10.1. Caractéristiques générales des cellules eucaryotes et procaryotes
2.10.2. La cellule procaryote: composants de la paroi externe: glycocalyx et couche S, paroi cellulaire, membrane plasmique
2.10.3. Flagelles, motilité bactérienne et taxons
2.10.4. Autres structures de surface, fimbriae et pili

Module 3. Alimentation et santé publique 

3.1. Alimentation humaine et évolution historique

3.1.1. Le fait naturel et le fait culturel: l'évolution biologique, la manipulation et la fabrication d'outils
3.1.2. L'utilisation du feu, profils de chasseurs-cueilleurs. Carnivore ou végétarien
3.1.3. Technologies biologiques, génétiques, chimiques, mécaniques impliquées dans la transformation et la conservation des aliments
3.1.4. L'alimentation à l'époque romaine
3.1.5. Influence de la découverte de l'Amérique
3.1.6. L'alimentation dans les pays développés

3.1.6.1.Chaînes et réseaux de distribution alimentaire
3.1.6.2.Le "Réseau" du commerce mondial et les petites entreprises

3.2. La signification socioculturelle des aliments

3.2.1. Alimentation et communication sociale Relations sociales et relations individuelles
3.2.2. Expressions émotionnelles de l'alimentation - Fêtes et célébrations
3.2.3. Relations entre les régimes alimentaires et les préceptes religieux Alimentation et Christianisme, Hindouisme, Bouddhisme, Judaïsme, Islam
3.2.4. Aliments naturels, aliments biologiques et produits biologiques
3.2.5. Typologie des régimes alimentaires :  Le régime normal, les régimes amaigrissants, les régimes curatifs, les régimes magiques et les régimes absurdes
3.2.6. Réalité et perception de l'alimentation. Protocole pour les repas familiaux et institutionnels

3.3. La communication et le comportement alimentaire

3.3.1. Médias écrits: magazines spécialisés. Magazines populaires et revues professionnelles
3.3.2. Médias audiovisuels: radio, télévision, Internet. Les emballages, la publicité, etc
3.3.3. Comportement alimentaire. Motivation et consommation
3.3.4. Étiquetage et consommation des denrées alimentaires. Développement des goûts et aversions
3.3.5. Sources de variation des préférences et attitudes alimentaires

3.4. Concepts de santé et de maladie et épidémiologie

3.4.1. Promotion de la santé et prévention des maladies
3.4.2. Niveaux de prévention Droit de la santé publique
3.4.3. Caractéristiques des aliments L'alimentation, vecteur de maladies
3.4.4. La méthode épidémiologique: Descriptive, analytique, expérimentale, prédictive

3.5. Importance sanitaire, sociale et économique des zoonoses

3.5.1. Classification des zoonoses
3.5.2. Facteurs
3.5.3. Points finaux
3.5.4.  Plans de contrôle

3.6. Épidémiologie et prévention des maladies transmises par la viande et les produits à base de viande, le poisson et les produits à base de poisson

3.6.1. Introduction Facteurs épidémiologiques des maladies transmises par la viande
3.6.2. Maladies liées à la consommation
3.6.3. Mesures préventives pour les maladies transmises par les produits carnés
3.6.4. Introduction Facteurs épidémiologiques des maladies transmises par le poisson
3.6.5. Maladies liées à la consommation
3.6.3. Prévention

3.7. Épidémiologie et prévention des maladies transmises par le lait et les produits laitiers

3.7.1. Introduction Facteurs épidémiologiques des maladies transmises par la viande
3.7.2. Maladies liées à la consommation
3.7.3. Mesures préventives pour les maladies transmises par les produits laitiers

3.8. Épidémiologie et prévention des maladies transmises par les produits de boulangerie, confiserie et pâtisserie

3.8.1. Introduction Facteurs épidémiologiques
3.8.2. Maladies liées à la consommation
3.8.3. Prévention

3.9. Épidémiologie et prévention des maladies transmises par les aliments en conserve et en semi-conserve, ainsi que par les légumes et champignons comestibles

3.9.1. Introduction Facteurs épidémiologiques des aliments en conserve et en semi-conserve
3.9.2. Maladies liées à la consommation d'aliments en conserve et en semi-conserve
3.9.3. Prévention sanitaire des maladies transmises par les aliments en conserve et en semi-conserve
3.9.4. Introduction Facteurs épidémiologiques des légumes et des champignons
3.9.5. Maladies dues à la consommation de légumes et de champignons
3.9.6. Prévention sanitaire des maladies transmises par les légumes et les champignons

3.10. Problèmes de santé découlant de l'utilisation d'additifs, origine des intoxications alimentaires

3.10.1. Toxicants d'origine naturelle dans les aliments
3.10.2. Substances toxiques dues à une manipulation incorrecte
3.10.3. Utilisation d'additifs alimentaires

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