Descripción

Esta formación generará una sensación de seguridad en el desempeño de la praxis médica, que te ayudará a crecer personal y profesionalmente”

Especialización en Oncología Genómica y de Precisión

La escala y la complejidad de los datos genómicos empequeñecen las medidas que se usan tradicionalmente en las pruebas de laboratorio. En los últimos años ha existido un enorme desarrollo de la informática para poder analizar e interpretar la secuenciación del DNA, y ha creado un distanciamiento entre el conocimiento biológico y su aplicación a la práctica clínica habitual. Es por ello que es preciso educar, difundir e incorporar igualmente esas técnicas informáticas entre la comunidad médica con el fin de poder interpretar el análisis masivo de datos procedentes de publicaciones, bases de datos biológicas o médicas e historiales clínicos, entre otros, y poder de este modo, enriquecer a nivel clínico la información biológica disponible.

Este aprendizaje automático permitirá el desarrollo de la oncología de precisión, con el fin de interpretar las características genómicas y encontrar terapias dirigidas, o identificar los riesgos a determinadas enfermedades y establecer medidas preventivas más individualizadas. Es un objetivo fundamental del programa, acercar al alumno y difundir el conocimiento informático, que ya se aplica en otras áreas del conocimiento pero que tiene una mínima implantación en el mundo médico, y a pesar de que para que la medicina genómica sea una realidad, es preciso interpretar con precisión el volumen ingente de información clínica disponible actualmente y asociarlo a los datos biológicos que se generan tras un análisis bioinformático. Si bien este es un desafío difícil, permitirá que los efectos de la variación genética y las terapias potenciales se exploren de forma rápida, económica y con mayor precisión de la que se logra en el momento actual.

Los humanos no estamos naturalmente equipados para percibir e interpretar secuencias genómicas ni para comprender todos los mecanismos, vías e interacciones que tienen lugar dentro de una célula viva, ni para tomar decisiones médicas con decenas o centenares de variables. Para avanzar, se requiere un sistema con capacidad analítica sobrehumana que simplifique el entorno de trabajo y muestre las relaciones y proximidades entre unas variables u otras. En genómica y biología, ahora se reconoce que es mejor gastar los recursos en nuevas técnicas computacionales que en la recolección de datos puros, algo que posiblemente pasa igual en medicina y, por supuesto, oncología.

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Gracias a su contenido multimedia elaborado con la última tecnología educativa, permitirán al profesional un aprendizaje situado y contextual, es decir, un entorno simulado que proporcionará un aprendizaje inmersivo programado para entrenarse ante situaciones reales.

El diseño de este programa está basado en el aprendizaje basado en problemas, mediante el cual el estudiante deberá tratar de resolver las distintas situaciones de práctica profesional que se le planteen a lo largo del curso. Para ello, el estudiante contará con la ayuda de un novedoso sistema de vídeo interactivo realizado por reconocidos expertos en el campo de la Oncología Genómica y de Precisión y con gran experiencia docente.

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Especialización en Oncología Genómica y de Precisión

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Objetivos

El Especialización en Oncología Genómica y de Precisión está orientado a facilitar la actuación del médico dedicado al tratamiento de la patología oncológica en la que es preciso interpretar con precisión el volumen ingente de información clínica disponible actualmente y asociarlo a los datos biológicos que se generan tras un análisis bioinformático.

Especialización en Oncología Genómica y de Precisión

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Objetivos Generales

  • Ser capaz de interpretar con precisión el volumen de información clínica disponible actualmente y asociado a los datos biológicos que se generan tras un análisis bioinformático.

Objetivos Específicos

Módulo 1

  • Actualizar los conocimientos en la biología molecular del cáncer, sobre todo en relación con el concepto de heterogeneidad genética, reprogramación del microambiente, papel de la respuesta inmune en el control del cáncer y mecanismos moleculares implicados en el proceso de invasión y metástasis.
  • Aportar y ampliar conocimientos sobre la inmunoterapia, como ejemplo de claro avance científico de investigación traslacional, y una de las líneas de investigación más prometedoras en el tratamiento del cáncer.

Módulo 2

  • Conocer un nuevo enfoque de clasificación de los tumores más frecuentes basados en los datos genómicos disponibles en The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network, lo cual renueva no sólo las ideas tradicionales sobre cómo se diagnostican y tratan las neoplasias, sino que también puede tener un profundo impacto en el panorama futuro del desarrollo de fármacos.
  • Discutir el cambio del panorama actual con la introducción de los datos genómicos en el conocimiento biológico de los tumores que ha permitido un viraje en la investigación y tratamiento de los tumores; desde la visión clásica que define el cáncer como una enfermedad según el tejido en el que se originó, a considerar la firma genómica para identificar subtipos tumorales con valor pronóstico y predictivo independiente.
  • Explicar como la clasificación genómica, aunque se correlacionada con el tejido de origen, proporciona información independiente para predecir los resultados clínicos, y dará la base biológica para una era de tratamiento personalizado contra el cáncer.

Módulo 3

  • Conocer las nuevas tecnologías genómicas actualmente utilizadas en la secuenciación del DNA y RNA, basadas en la secuencia del genoma humano y posible desde la finalización del Proyecto del Genoma Humano, que ha supuesto una expansión sin precedentes de las capacidades de la genética molecular en la investigación del diagnóstico genético y clínico.
  • Comentar el proceso bioinformático se sigue para la interpretación y aplicación de los datos biológicos, lo cual es fundamental desde el advenimiento de las modernas técnicas de secuenciación, y que permiten organizar, analizar e interpretar la información biológica a nivel molecular, celular y genómico, lo cual es primordial hoy día, desde que la identificación de secuencias de ácidos nucleicos se ha convertido en una herramienta omnipresente y esencial en todas las áreas de la ciencia biológica.
  • Comentar y saber interpretar la carga mutacional tumoral (TMB) como un biomarcador genómico que tiene un impacto significativo en el panorama de la inmunoterapia contra el cáncer. Este marcador emergente mide el número de mutaciones dentro del genoma tumoral y ya se ha demostrado que está asociado con una mejor respuesta a los inhibidores del punto de control inmune.

Módulo 4

  • Aprender como la biopsia líquida de DNA circulante nos permite comprender específicamente qué tipo de cambios moleculares están sucediendo en el tumor en tiempo real, lo que es un gran paso más allá de los actuales criterios de valoración de respuesta y seguimiento de los tumores en términos clínicos.
  • Describir el paradigma actual de incorporación de los datos genómicos a la práctica clínica actual, donde la selección del tratamiento debe ser dictada por las aberraciones moleculares específicas que se encuentran en el tumor de cada paciente. De este modo, se está abandonando el paradigma de los ensayos clínicos clásicos de la elegibilidad de los pacientes basándose en parámetros clinicopatológicos, frente a los ensayos clínicos actuales que reclutan pacientes sobre la base de aberraciones moleculares específicas.
  • Discutir como la adopción de la secuenciación de próxima generación (NGS) en un contexto de diagnóstico plantea numerosas preguntas con respecto a la identificación y los informes de variantes en genes secundarios para la patología del paciente, por lo que es fundamental definir aquellos genes considerados accionables gracias a su proceso de curación eficiente y la recopilación de datos publicados.

Posgrado en Oncología Genómica y de Precisión

Temario

La estructura de los contenidos ha sido diseñada por un equipo de profesionales de los mejores centros educativos, universidades y empresas del territorio nacional, conscientes de la relevancia de la actualidad de la formación para poder intervenir en la formación y acompañamiento de los alumnos, y comprometidos con la enseñanza de calidad mediante las nuevas tecnologías educativas.

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Módulo 1. Biología molecular

1.1. Mecanismos moleculares del cáncer.

1.1.1. Ciclo celular.
1.1.2. Desprendimiento de las células tumorales.

1.2. Reprogramación del microambiente tumoral.

1.2.1. El microambiente del tumor: Una visión general.
1.2.2. El TME como factor pronóstico del cáncer de pulmón.
1.2.3. TME en progresión y metástasis del cáncer de pulmón.

1.2.3.1. Fibroblastos asociados al cáncer (CAF).
1.2.3.2. Células endoteliales.
1.2.3.3. Hipoxia en cáncer de pulmón.
1.2.3.4. Inflamación.
1.2.3.5. Células inmunológicas.

1.2.4. Contribución del TME a la resistencia terapéutica.

1.2.4.1. Contribución de TME a la resistencia a la radioterapia.

1.2.5. El TME como blanco terapéutico en el cáncer de pulmón.

1.2.5.1. Direcciones futuras.

1.3. Inmunología tumoral: Bases de la inmunoterapia en cáncer.

1.3.1. Introducción al sistema inmune.
1.3.2. Inmunología tumoral.

1.3.2.1. Antígenos asociados a tumores.
1.3.2.2. Identificación de antígenos asociados a tumor.
1.3.2.3. Tipos de antígenos asociados a tumores.

1.3.3. Bases de la inmunoterapia en cáncer.

1.3.3.1. Introducción a los enfoques inmunoterapéuticos.
1.3.3.2. Anticuerpos monoclonales en la terapia contra el cáncer.

1.3.3.2.1. Producción de anticuerpos monoclonales.
1.3.3.2.2. Tipos de anticuerpos terapéuticos.
1.3.3.2.3. Mecanismos de acción de los anticuerpos.
1.3.3.2.4. Anticuerpos modificados.

1.3.4. Moduladores inmunes no específicos.

1.3.4.1. Bacilo de Calmette-Guérin.
1.3.4.2. Interferón-α.
1.3.4.3. Interleucina-2.
1.3.4.4. Imiquimod.

1.3.5. Otros enfoques para la inmunoterapia.

1.3.5.1. Vacunas de células dendríticas.
1.3.5.2. Sipuleucel-T.
1.3.5.3. Bloqueo de CTLA-4.
1.3.5.4. Terapia de células T adoptivas.

1.3.5.4.1. Terapia celular adoptiva con clones de células T.
1.3.5.4.2. Terapia celular adoptiva con linfocitos infiltrantes de tumor.

1.4. Mecanismos moleculares implicados en el proceso de invasión y metástasis.

Módulo 2. Oncología genómica o de precisión

2.1. Utilidad del pérfil de expresión génica en cáncer.
2.2. Subtipos moleculares del cáncer de mama.
2.3. Plataformas genómicas de carácter pronóstico-predictivo en el cáncer de mama.
2.4. Dianas terapéuticas en cáncer de pulmón no célula pequeña.

2.4.1. Introducción.
2.4.2. Técnicas de detección molecular.
2.4.3. Mutación EGFR.
2.4.4. Translocación ALK.
2.4.5. Translocación ROS.
2.4.6. Mutación BRAF.
2.4.7. Reordenamientos NRTK.
2.4.8. Mutación HER2.
2.4.9. Mutación/Amplificación de MET.
2.4.10. Reordenamientos de RET.
2.4.11. Otras dianas moleculares.

2.5. Clasificación molecular del cáncer de colon.
2.6. Estudios moleculares en el cáncer gástrico.

2.6.1. Tratamiento del cáncer gástrico avanzado.
2.6.2. Sobreexpresión de HER2 en cáncer gástrico avanzado.
2.6.3. Determinación e interpretación de sobreexpresión de HER2 en cáncer gástrico avanzado.
2.6.4. Fármacos con actividad frente a HER2.
2.6.5. Trastuzumab en primera línea de cáncer gástrico avanzado.

2.6.5.1. Tratamiento del cáncer gástrico avanzado HER2+ después de la progresión a esquemas con trastuzumab.

2.6.6. Actividad de otros fármacos anti-HER2 en cáncer gástrico avanzado.

2.7. El GIST como modelo de investigación traslacional: 15 años de experiencia

2.7.1. Introducción.
2.7.2. Mutaciones de KIT y PDGFRA como promotores principales en GIST.
2.7.3. Genotipo en GIST: valor pronóstico y predictivo.
2.7.4. Genotipo en GIST y resistencias al imatinib.
2.7.5. Conclusiones.

2.8. Biomarcadores moleculares y genómicos en melanoma.
2.9. Clasificación molecular de los tumores cerebrales.
2.10. Biomarcadores moleculares y genómicos en melanoma.
2.11. Inmunoterapia y biomarcadores.

2.11.1. Escenario de las terapias inmunológicas en el tratamiento del cáncer y necesidad de definir el perfil mutacional de un tumor.
2.11.2. Biomarcadores del inhibidor del punto de control: PD-L1 y más allá.

2.11.2.1. El papel de PD-L1 en la regulación inmune.
2.11.2.2. Datos de ensayos clínicos y biomarcador PD-L1.
2.11.2.3. Umbrales y ensayos para la expresión de PD-L1: una imagen compleja.
2.11.2.4. Biomarcadores emergentes.

2.11.2.4.1. Carga Mutacional Tumoral (TMB).

2.11.2.4.1.1. Cuantificación de la carga mutacional tumoral.
2.11.2.4.1.2. Evidencia de la carga mutacional tumoral.
2.11.2.4.1.3. Carga tumoral tumoral como biomarcador predictivo.
2.11.2.4.1.4. Carga tumoral tumoral como un biomarcador pronóstico.
2.11.2.4.1.5. El futuro de la carga mutacional.

2.11.2.4.2. Inestabilidad de microsatélites.
2.11.2.4.3. Análisis del infiltrado inmune.
2.11.2.4.4. Marcadores de toxicidad.

2.11.3. Desarrollo de fármacos de punto de control inmune en cáncer.
2.11.4. Fármacos disponibles.

Módulo 3. Cambios en la práctica clínica actual y nuevas aplicaciones con la oncología genómica

3.1. Biopsias líquidas: ¿moda o futuro?

3.1.1. Introducción.
3.1.2. Células circulantes tumorales.
3.1.3. ctDNA.
3.1.4. Utilidades clínicas.
3.1.5. Limitaciones del ctDNA.
3.1.6. Conclusiones y Futuro.

3.2. Papel del Biobanco en la Investigación Clínica.

3.2.1. Introducción.
3.2.2. ¿Merece la pena hacer el esfuerzo de crear un Biobanco?
3.2.3. Cómo se puede empezar a establecer un Biobanco.
3.2.4. Consentimiento informado para Biobanco.
3.2.5. Toma de muestras para Biobanco.
3.2.6. Control de Calidad.
3.2.7. Acceso a las muestras.

3.3. Ensayos clínicos: nuevos conceptos basados en la medicina de precisión.

3.3.1. ¿Qué son los ensayos clínicos? ¿En qué se diferencian de otros tipos de investigaciones?

3.3.1.1. Tipos de ensayos clínicos.

3.3.1.1.1. Según sus objetivos.
3.3.1.1.2. Según el número de centros participantes.
3.3.1.1.3. Según su metodología.
3.3.1.1.4. Según su grado de enmascaramiento.

3.3.2. Resultados de los ensayos clínicos en oncología torácica.

3.3.2.1. Relacionados con el tiempo de supervivencia.
3.3.2.2. Resultados relacionados con el tumor.
3.3.2.3. Resultados comunicados por el paciente.

3.3.3. Ensayos clínicos en la era de la medicina de precisión.

3.3.3.1. Medicina de precisión.
3.3.3.2. Terminología relacionada con el diseño de ensayos en la era de la medicina de precisión.

3.4. Incorporación de los marcadores accionables en la práctica clínica.
3.5. Aplicación de la genómica en la práctica clínica por tipo tumoral.
3.6. Big data aplicado a la oncología genómica.

3.6.1. El proceso de análisis de datos.

3.7. Sistemas de soporte a las decisiones en oncología basados en Inteligencia Artificial.

Modulo 4. Nuevas técnicas en la era genómica

4.1. Entendiendo la nueva tecnología: Next Generation Sequence (NGS) en la práctica clínica.

4.1.1. Introducción.
4.1.2. Antecedentes.
4.1.3. Problemas en la aplicación de la Secuenciación Sanger en Oncología.  
4.1.4. Nuevas técnicas de Secuenciación.
4.1.5. Ventajas del uso de la NGS en la práctica clínica.
4.1.6. Limitaciones del uso de la NGS en la práctica clínica.
4.1.7. Términos y definiciones de interés.
4.1.8. Tipos de estudios en función de su tamaño y profundidad.

4.1.8.1. Genomas.
4.1.8.2. Exomas.
4.1.8.3. Paneles multigénicos.

4.1.9. Etapas en la secuenciación NGS.

4.1.9.1. Preparación de muestras y librerías.
4.1.9.2. Preparación de templates y Secuenciación.
4.1.9.3. Procesado bioinformático.

4.1.10. Anotación y clasificación de variantes.

4.1.10.1. Bases de datos poblacionales.
4.1.10.2. Bases de datos locus específicas.
4.1.10.3. Predictores bioinformáticos de funcionalidad.

4.2. Secuenciación DNA y análisis bioinformático.

4.2.1. Introducción.
4.2.2. Software.
4.2.3. Procedimiento.

4.2.3.1. -Extracción de secuencias crudas.
4.2.3.2. -Alineación de secuencias.
4.2.3.3. -Refinamiento de la alineación.
4.2.3.4. -Llamada de variantes.
4.2.3.5. -Filtrado de variantes.

4.3. Secuenciación RNA y análisis bioinformático.

4.3.1. Introducción.
4.3.2. Software.
4.3.3. Procedimiento.

4.3.3.1. Evaluación de QC de datos sin procesar.
4.3.3.2. Filtrado de RNAr.
4.3.3.3. Datos filtrados de control de calidad.
4.3.3.4. Recorte de calidad y eliminación del adaptador.
4.3.3.5. Alineación de reads a una referencia.
4.3.3.6. Llamada de variantes.
4.3.3.7. Análisis de expresión diferencial del gen.

4.4. Tecnología ChIP-Seq.

4.4.1. Introducción.
4.4.2. Software.
4.4.3. Procedimiento.

4.4.3.1. Descripción del conjunto de datos CHiP-Seq.
4.4.3.2. Obtener información sobre el experimento utilizando los sitios web de GEO y SRA.
4.4.3.3. Control de calidad de los datos de secuenciación.
4.4.3.4. Recorte y filtrado de reads.
4.4.3.5. Visualización los resultados con Integrated Genome Browser (IGV).

4.5. Servidores genómicos y bases de datos de variantes genéticas.

4.5.1. Introducción.
4.5.2. Servidores genómicos en web.
4.5.3. Arquitectura de los servidores genómicos.
4.5.4. Recuperación y análisis de datos.
4.5.5. Personalización.

4.6. Anotación de variantes genéticas.

4.6.1. Introducción.
4.6.2. ¿Qué es la llamada de variantes?
4.6.3. Entendiendo el formato VCF.
4.6.4. Identificadores de variantes.
4.6.5. Análisis de variantes.
4.6.6. Predicción del efecto de la variación en la estructura y función de la proteína.

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Ante una determinada situación, ¿qué haría usted? A lo largo del programa formativo meses, usted se enfrentará a múltiples casos clínicos simulados, basados en pacientes reales en los que deberá investigar, establecer hipótesis y, finalmente, resolver la situación. Existe abundante evidencia científica sobre la eficacia del método. Los especialistas aprenden mejor, más rápido y de manera más sostenible en el tiempo.

Optimal decision

Según el Dr Gérvas, el caso clínico es la presentación comentada de un paciente, o grupo de pacientes, que se convierte en «caso», en un ejemplo o modelo que ilustra algún componente clínico peculiar, bien por su poder docente, bien por su singularidad o rareza. Es esencial que el caso se apoye en la vida profesional actual, intentando recrear los condicionantes reales en la práctica profesional del médico.

Sabía qué este método fue desarrollado en 1912 en Harvard para los estudiantes de Derecho? El método del caso consistía en presentarles situaciones complejas reales para que tomasen decisiones y justificasen cómo resolverlas. En 1924 se estableció como método estándar de enseñanza en Harvard”

Se trata de una técnica que desarrolla el espíritu crítico y prepara al médico para la toma de decisiones, la defensa de argumentos y el contraste de opiniones.

La eficacia del método se justifica con cuatro logros fundamentales:

  1. Los alumnos que siguen este método no solo consiguen la asimilación de conceptos, sino un desarrollo de su capacidad mental mediante ejercicios de evaluación de situaciones reales y aplicación de conocimientos.

  2. El aprendizaje se concreta de una manera sólida, en capacidades prácticas, que permiten al alumno una mejor integración en el mundo real.

  3. Se consigue una asimilación más sencilla y eficiente de las ideas y conceptos, gracias al planteamiento de situaciones que han surgido de la realidad.

  4. La sensación de eficiencia del esfuerzo invertido se convierte en un estímulo muy importante para el alumnado, que se traduce en un interés mayor en los aprendizajes y un incremento del tiempo dedicado a trabajar en el curso.

El médico aprenderá mediante casos reales y resolución de situaciones complejas en entornos simulados de aprendizaje. Estos simulacros están desarrollados a partir de software de última generación que permiten facilitar el aprendizaje inmersivo”

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