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L'un des objectifs fondamentaux du programme est de rapprocher et diffuser les connaissances informatiques qui sont déjà appliquées dans d'autres domaines, mais qui n'ont qu'une application minime dans le monde médical; et malgré le fait que la médecine génomique soit une réalité, il est nécessaire d'interpréter avec précision l'énorme volume d'informations cliniques actuellement disponibles et de les associer aux données biologiques générées après une analyse bioinformatique. Ainsi, bien qu'il s'agisse d'un défi difficile à relever, il permettra d'explorer les effets des variations génétiques et les thérapies potentielles rapidement, à moindre coût et avec une plus grande précision que ce qui est actuellement possible.

L'être humain n'est pas naturellement équipé pour percevoir et interpréter des séquences génomiques, ni pour comprendre l'ensemble des mécanismes, des voies et des interactions qui se déroulent dans une cellule vivante, ni pour prendre des décisions médicales comportant des dizaines ou des centaines de variables. Pour aller de l'avant, il faut un système doté d'une capacité d'analyse surhumaine pour simplifier l'environnement de travail et montrer les relations et les proximités entre les variables. En Génomique et en Biologie, il est désormais reconnu qu'il vaut mieux consacrer des ressources à de nouvelles techniques de calcul qu'à la collecte pure et simple de données, ce qui est peut-être déja le cas en Médecine et en Oncologie. 

Nous disposons de millions de données et de publications, mais lorsqu'elles sont analysées par des médecins ou biologistes, les conclusions sont totalement subjectives et relatives aux publications qui sont hiérarchisées de manière arbitraire, ce qui génère des connaissances partielles, et de plus en plus éloignées des connaissances génétiques et biologiques disponibles et soutenues par le calcul. Par conséquent, le progrès considérable dans la mise en œuvre de la médecine de précision consiste à combler cette lacune, en analysant massivement les informations médicales et pharmacologiques disponibles.

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Module 1. Utilisation d'Unix et Linux en bioinformatique

1.1. Introduction au système d'exploitation Linux

1.1.1. Qu'est-ce qu'un système d'exploitation?
1.1.2. Les avantages de l'utilisation de Linux

1.2. Environnement et installation de Linux

1.2.1. Distributions Linux?
1.2.2. Installation de Linux à l'aide d'une clé USB
1.2.3. Installation de Linux à l'aide d'un CD-ROM
1.2.4. Installation de Linux à l'aide d'une machine virtuelle

1.3. La ligne de commande

1.3.1. Introduction
1.3.2. Qu'est-ce qu'une ligne de commande?
1.3.3. Travailler dans le terminal
1.3.4. Le Shell, Bash

1.4. Navigation de base

1.4.1. Introduction
1.4.2. Comment connaître l'emplacement actuel?
1.4.3. Itinéraires absolus et relatifs
1.4.4. Comment se déplacer dans le système?

1.5. Manipulation de fichiers

1.5.1. Introduction
1.5.2. Comment construire un répertoire?
1.5.3. Comment accéder à un répertoire?
1.5.4. Comment créer un fichier vide?
1.5.5. Copier un fichier et un répertoire
1.5.6. Suppression d'un fichier et d'un répertoire

1.6. Éditeur de texte VI

1.6.1. Introduction
1.6.2. Comment sauvegarder et quitter?
1.6.3. Comment naviguer dans un fichier dans l'éditeur de texte Vi?
1.6.4. Suppression du contenu
1.6.5. La commande undo

1.7. Les wildcards

1.7.1. Introduction
1.7.2. Que sont les wildcards?
1.7.3. Exemples

1.8. Permissions

1.8.1. Introduction
1.8.2. Comment voir les permissions d'un fichier?
1.8.3. Comment modifier les autorisations?
1.8.4. Définition des autorisations
1.8.5. Permissions pour les répertoires
1.8.6. El usuario “Root”

1.9. Filtres

1.9.1. Introduction
1.9.2. Head
1.9.3. Tail
1.9.4. Sort
1.9.5. nl
1.9.6. wc
1.9.7. Cut
1.9.8. Sed
1.9.9. Uniq
1.9.10. Tac
1.9.11. Autres filtres

1.10. Grep et expressions régulières

1.10.1. Introduction
1.10.2. eGrep
1.10.3. Expressions régulières
1.10.4. Quelques exemples

1.11. Pipelines et redirection

1.11.1. Introduction
1.11.2. Redirection vers un fichier
1.11.3. Sauvegarde dans un fichier
1.11.4. Redirection à partir d'un fichier
1.11.5. Redirection de STDERR
1.11.6. Pipelines

1.12. Traitement des processus

1.12.1. Introduction
1.12.2. Processus actifs
1.12.3. Fermeture d'un processus corrompu
1.12.4. Emplois d'avant-plan et d'arrière-plan

1.13. Bash

1.13.1. Introduction
1.13.2. Points importants
1.13.3. Pourquoi celui-ci?
1.13.4. Variables
1.13.5. Déclarations

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