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Module 1. Molecular Biology Tools for an Agnostic Approach to Rare Cancers

1.1. Concepts of Molecular Oncology

1.1.1. Genetic Concepts
1.1.2. Epigenetic Concepts
1.1.3. crDNA Concepts
1.1.4. RNA Concepts

1.2. Tumor DNA Study I. Solid Biopsy

1.2.1. Genome
1.2.2. Exome
1.2.3. Sequencing Panels

1.3. Study of Tumor DNA II Fluid Biopsy

1.3.1. Available Platforms
1.3.2. Current Applications

1.4. Study of Germline DNA

1.4.1. Variants and Polymorphisms
1.4.2. Germline Alterations

1.5. Study of Messenger RNA

1.5.1. Transcriptome
1.5.2. Sequencing Panels (Nanostring)
1.5.3. Single Cell RNA

1.6. Epigenetics I. Methylome and Methylation Panels

1.6.1. Methyloma
1.6.2. Methylation Panels

1.7. Epigenetics II Non-Coding RNA, Chromatin Modifications

1.7.1. Long Non-Coding RNA
1.7.2. MicroRNA
1.7.3. Chromatin Remodeling

1.8. Functional Models I. Drug Sensing in Primary Cell Culture and Organoids
1.9. Molecular Biology in Immuno-Oncology I

1.9.1. Tumor Mutation Burden
1.9.2. Neoantigens
1.9.3. Microbiota
1.9.4. Adoptive Cell Therapy

1.10.  Molecular Biology in Immuno-Oncology II. Functional Models

1.10.1. Coculture of Lymphocytes
1.10.2. Humanized Murine Methods

Module 2. Pleural, Mediastinal and Chest Wall Tumors: Lung Cancer As a Paradigm of New Rare Tumors. Head and Neck Cancer

2.1. Pleural Tumors: Mesothelioma

2.1.1. Introduction and Epidemiology
2.1.2. Etiology and Pathogenesis
2.1.3. Clinical Presentation
2.1.4. Diagnosis and Staging
2.1.5. Prognostic Factors
2.1.6. Treatment and Recommendations (Guidelines/Consensus)
2.1.7. Future Perspectives

2.2. Mediastinal Tumors: Thymoma and Thymic Carcinoma

2.2.1. Introduction and Epidemiology
2.2.2. Etiology and Pathogenesis
2.2.3. Clinical Presentation
2.2.4. Diagnosis and Staging
2.2.5. Prognostic Factors
2.2.6. Treatment and Recommendations (Guidelines/Consensus)
2.2.7. Future

2.3. Chest Wall Tumors

2.3.1. Introduction and Epidemiology
2.3.2. Etiology and Pathogenesis
2.3.3. Clinical Presentation
2.3.4. Diagnosis and Classification
2.3.5. Prognostic Factors
2.3.6. Treatment and Recommendations
2.3.7. Future

2.4. Pulmonary Neuroendocrine Tumor: Typical Carcinoid, Atypical Carcinoid, and Large Cell Carcinoma

2.4.1. Introduction and Epidemiology
2.4.2. Etiology and Pathogenesis
2.4.3. Clinical Presentation
2.4.4. Diagnosis and Classification
2.4.5. Prognostic Factors
2.4.6. Treatment and Recommendations
2.4.7. Future

2.5. Lung Cancer as a Paradigm for Personalized Medicine: Diagnostic Techniques and the Role of Liquid Biopsy

2.5.1. Introduction
2.5.2. Sample Types According to Diagnostic Approach
2.5.3. Sample Handling Optimization
2.5.4. Response Time and Report Characteristics
2.5.5. Tumor Heterogeneity: Role of Liquid Biopsy
2.5.6. Molecular Diagnostic Techniques: IHQ, FISH, RT-PCR, NGS
2.5.7. Guide Recommendations

2.6. Mutations: EGFR, BRAF, MET, KRAS

2.6.1. Introduction: Epidemiology, Patient Profile, Diagnostic Techniques and Brain Disease
2.6.2. Prognostic Factors
2.6.3. First-Line Targeted Therapy
2.6.4. Resistance Mechanisms
2.6.5. Second-Line Therapy and Successive Lines
2.6.6. Role of Chemotherapy +/- Immunotherapy
2.6.7. Future

2.7. Translocations: ALK, ROS-1

2.7.1. Introduction: Epidemiology, Patient Profile, Diagnostic Techniques and Brain Disease
2.7.2. Prognostic Factors
2.7.3. First-Line Targeted Therapy
2.7.4. Resistance Mechanisms
2.7.5. Second-Line Therapy and Successive Lines
2.7.6. Role of Chemotherapy +/- Immunotherapy
2.7.7. Future

2.8. Rearrangements/Amplifications: NTRK, RET, MET, HER-2

2.8.1. Introduction: Epidemiology, Patient Profile, Diagnostic Techniques and Brain Disease
2.8.2. Prognostic Factors
2.8.3. First-Line Targeted Therapy
2.8.4. Resistance Mechanisms
2.8.5. Second-Line Therapy and Successive Lines
2.8.6. Role of Chemotherapy +/- Immunotherapy
2.8.7. Future

2.9. Nasopharyngeal Carcinoma and Salivary Gland Tumors: Nasal and Paranasal Sinus Tumors

2.9.1. Nasopharyngeal Carcinoma

2.9.1.1. Introduction
2.9.1.2. Epidemiological Data
2.9.1.3. Etiology and Etiopathogenesis
2.9.1.4. Clinical Manifestations
2.9.1.5. Diagnostic Methods and Extension Diagnosis
2.9.1.6. Multidisciplinary Treatment

2.9.2. Salivary Gland Tumors

2.9.2.1. Major Salivary Gland Tumors
2.9.2.2. Minor Salivary Gland Tumors

2.9.3. Nasal and Paranasal Sinus Tumors

2.9.3.1. Epidemiology
2.9.3.2. Etiopathogeny, Histology and Natural History
2.9.3.3. Clinical, Diagnostic and Staging
2.9.3.4. Treatment

2.10. Melanomas, Sarcomas and Lymphoproliferative Syndromes of the Head and Neck: Rare Tumors. Ameloblastoma. Neuroendocrine Head and Neck Tumors

2.10.1. Head and Neck Melanoma

2.10.1.1. Etiologic, Epidemiologic and Clinical Factors
2.10.1.2. Diagnostic and Therapeutic Aspects
2.10.1.3. Special Presentations of Head and Neck Melanoma

2.10.2. Head and Neck Sarcomas

2.10.2.1. Etiopathogenesis and Epidemiology
2.10.2.2. Clinical Aspects
2.10.2.3. Diagnosis
2.10.2.4. Therapeutic Aspects

2.10.3. Lymphoproliferative Head and Neck Syndromes

2.10.3.1. Etiological Factors
2.10.3.2. Staging Procedures
2.10.3.3. Clinical Scheme of Lymphoid System Neoplasms

2.10.4. Dental Tumors

2.10.4.1. Odontogenic Tumor Classification

2.10.5. Ameloblastoma
2.10.6. Neuroendocrine Head and Neck Tumors

2.10.6.1. Neuroendocrine Carcinomas of Epithelial Origin
2.10.6.2. Atypical Carcinoid
2.10.6.3. Small Cell Neuroendocrine Carcinoma
2.10.6.4. Large Cell Neuroendocrine Carcinoma
2.10.6.5. Neuroendocrine Carcinoma of Neural Origin

Module 3. Musculoskeletal Tumors: Epithelial Cancer. Central Nervous System Tumors: Ocular Tumors

3.1. Bone and Soft Tissue Sarcomas: Classification, Characteristics, and Diagnostic Therapeutic Approach

3.1.1. General Information, Epidemiology
3.1.2. Etiopathogenesis and Classification
3.1.3. Clinical Aspects
3.1.4. Diagnostic and Therapeutic Aspects

3.2. Soft Tissue Sarcomas

3.2.1. Liposarcomas
3.2.2. Rhabdomyosarcoma
3.2.3. Leiomyosarcoma
3.2.4. Synovial Sarcoma
3.2.5. Angiosarcoma
3.2.6. Lymphangiosarcoma
3.2.7. Malignant Peripheral Nerve Sheath Tumor
3.2.8. Specific Soft Tissue Sarcomas

3.2.8.1. Complex Karyotype Sarcomas
3.2.8.2. Translocation-Specific Subtypes 
3.2.8.3. Developmental Sarcomas
3.2.8.4. Alveolar Soft Tissue Sarcoma
3.2.8.5. Clear Cell Sarcoma
3.2.8.6. PEComa
3.2.8.7. Solitary Fibrous Tumor
3.2.8.8. Inflammatory Myofibroblastic Tumor
3.2.8.9. Desmoplastic Round Cell Tumor
3.2.8.10. Mesenchymal Tumors with Locally Aggressive Behavior 

3.3. Skeletal Sarcomas 

3.3.1. Chondrosarcoma
3.3.2. Fibrosarcoma
3.3.3. Clear Cell Sarcoma
3.3.4. Chordoma

3.4. Visceral Sarcomas

3.4.1. General Aspects of Low-Incidence Visceral Sarcomas
3.4.2. Visceral Sarcoma Classification
3.4.3. Diagnostic and Therapeutic Aspects
3.4.4. Molecular Aspects

3.5. Central Nervous System Tumors: Classification, Characteristics and Therapeutic Diagnostic Approach

3.5.1. Classification
3.5.2. Epidemiology and Etiopathogenesis
3.5.3. General Clinical Features
3.5.4. Diagnostic Algorithm
3.5.5. Therapeutic Approach

3.6. Central Nervous System Tumors: Oligodendrogliomas and Diffuse Astrocytic Tumors: Ependymal Tumors. Choroid Plexus Tumors. Neuronal and Mixed Glial-Neuronal Tumors

3.6.1. Oligodendrogliomas and Diffuse Astrocytic Tumors
3.6.2. Ependymal Tumors
3.6.3. Choroid Plexus Tumors
3.6.4. Neuronal and Mixed Glial-Neuronal Tumors

3.7. Pineal Region Tumors: Embryonal Tumors. Central Nervous System Lymphomas. Germinal Cell Tumors. Selar Region Tumors. Miscellaneous

3.7.1. Pineal Region Tumors
3.7.2. Embryonal Tumors
3.7.3. Central Nervous System Lymphomas
3.7.4. Germ Cell Tumors
3.7.5. Selar Region Tumors
3.7.6. Miscellaneous

3.8. Malignant Skull Base Tumors: Craniopharyngioma and Solitary Fibrous Tumor/Hemangiopericytoma

3.8.1. Chordomas
3.8.2. Chondrosarcomas
3.8.3. Craneofaringioma
3.8.4. Solitary Fibrous Tumor: Hemangiopericytoma

3.9. Skin and Appendage Tumours

3.9.1. Classification, Characteristics and Therapeutic Diagnostic Approach
3.9.2. Tumors Originating in Benign Structures

3.9.2.1. Porocarcinoma
3.9.2.2. Hydradenocarcinoma
3.9.2.3. Spiradenocarcinoma
3.9.2.4. Cylindrocarcinoma

3.9.3. Analogous Glandular Tumors

3.9.3.1. Adenoid Cystic Carcinoma
3.9.3.2. Secretor Carcinoma
3.9.3.3. Apocrine Carcinoma
3.9.3.4. Cribriform Carcinoma
3.9.3.5. Malignant Mixed Tumor
3.9.3.6. Malignant Myoepithelioma

3.9.4. Hair Follicular Differentiation Tumors

3.9.4.1. Trichilemmal Carcinoma
3.9.4.2. Pilomatrical Carcinoma

3.9.5. Tumors Originating in the Facial Area

3.9.5.1. Mucinous Carcinoma
3.9.5.2. Histiocytoid Carcinoma
3.9.5.3. Endocrine Mucin-Producing Sweat Gland Carcinoma

3.9.6. Cutaneous Sarcoma

3.9.6.1. Atypical Fibroxanthoma
3.9.6.2. Angiosarcoma
3.9.6.3. Dermatofibrosarcoma Protuberans
3.9.6.4. Non-HIV Kaposi's Sarcoma, Other Sarcomas

3.9.7. Miscellaneous

3.9.7.1. Microcystic Adrenal Carcinoma
3.9.7.2. Adenosquamous Carcinoma
3.9.7.3. Adenocarcinoma

3.10. Eye Tumors in Adults

3.10.1. Eyelid Tumors.
3.10.2. Basal Cell Carcinoma
3.10.3. Epidermoid Carcinoma 
3.10.4. Keratoacanthoma 
3.10.5. Lentigo Maligna Melanoma 
3.10.6. Conjunctival Tumors 
3.10.7. Conjunctival Squamous Neoplasia 
3.10.8. Conjunctival Melanoma 
3.10.9. Anterior Uveal Melanoma: Iris Melanoma 
3.10.10. Posterior Uveal Melanoma: Choroidal Melanoma 
3.10.11. Choroidal Metastases 
3.10.12. Orbital Metastases 

Module 4. Uncommon Digestive Tumors Digestive Neuroendocrine Tumors. Thyroid Cancer

4.1. Tumors of the Small Intestine Appendicular Tumors

4.1.1. Tumors of the Small Intestine

4.1.1.1. Epidemiology. Risk Factors
4.1.1.2. Pathogenesis, Molecular Profile and Hereditary Syndromes
4.1.1.3. Clinical Characteristics. Histological Subtypes
4.1.1.4. Diagnosis and Staging Prognosis
4.1.1.5. Localized Disease Treatment Monitoring
4.1.1.6. Treatment of Metastatic Disease

4.1.2. Appendicular Tumors

4.1.2.1. Epidemiology
4.1.2.2. Histology Staging
4.1.2.3. Clinical Presentation. Diagnosis 
4.1.2.4. Localized Disease Treatment
4.1.2.5. Treatment of Metastatic Disease
4.1.2.6. Pseudomyxoma Peritoneum

4.2. Cancer of the Anal Canal

4.2.1. Epidemiology. Risk Factors
4.2.2. HPV, Genotypes Molecular Pathogenesis
4.2.3. Pathological Anatomy. Staging
4.2.4. Clinical Presentation. Diagnosis
4.2.5. Treatment of Localized Disease Monitoring
4.2.6. Treatment of Metastatic Disease Immunotherapy

4.3. Tumors of the Liver and Intrahepatic Bile Ducts Neoplasms of the Gallbladder and Extrahepatic Bile Ducts

4.3.1. Hepatocellular Carcinoma

4.3.1.1. Epidemiological Aspects
4.3.1.2. Diagnostic Process
4.3.1.3. Staging
4.3.1.4. Management of Local Disease: Transplantation vs. Resection
4.3.1.5. Local Disease Management: Ablative Techniques
4.3.1.6. Management of Locally Advanced Disease

4.3.1.6.1. Radioembolization
4.3.1.6.2. Transarterial Chemoembolization
4.3.1.6.3. Radiotherapy

4.3.1.7. Treatment of Metastatic Disease

4.3.2. Biliary Tract Tumours

4.3.2.1. Characterization of the Three Entities that Make Up the Group
4.3.2.2. Epidemiological Aspects
4.3.2.3. Risk Factors
4.3.2.4. Clinical Expressivity
4.3.2.5. Diagnostic Aspects
4.3.2.6. Unresectability Criteria
4.3.2.7. Histological Aspects
4.3.2.8. Molecular Aspects. Molecular Classification
4.3.2.9. Described Genomic Alterations
4.3.2.10. Treatment of Localized Disease

4.3.2.10.1. Surgery
4.3.2.10.2. Adjuvant Criteria
4.3.2.10.3. Monitoring

4.3.2.11. Treating Advanced Stages of the Disease

4.3.2.11.1. Treatment of Locally Advanced Disease
4.3.2.11.2. Treatment of Metastatic Disease

4.3.2.12. Monitoring

4.4. Gastrointestinal Stromal Tumors

4.4.1. Clinical and Epidemiological Aspects
4.4.2. Diagnostic Process of GIST

4.4.2.1. Radiology
4.4.2.2. Histology
4.4.2.3. Molecular Biology

4.4.3. Treatment of Localized Disease

4.4.3.1. Surgical Aspects
4.4.3.2. Prognostic Factors after Resection
4.4.3.3. Adjuvant Treatment
4.4.3.4. Neoadjuvant Treatment

4.4.4. Treating Advanced Stages of the Disease

4.4.4.1. Surgery in the Context of Advanced Disease
4.4.4.2. Systemic Treatment
4.4.4.3. Monitoring

4.5. Neuroendocrine Tumors: Tumors of the Small Intestine

4.5.1. Epidemiology
4.5.2. Pathological Anatomy. Histological Degree Ki67 and Mitotic Index
4.5.3. Molecular Factors Biomarkers
4.5.4. Clinical Presentation. Carcinoid syndrome
4.5.5. Diagnosis and Staging Prognosis
4.5.6. Localized Disease Treatment Monitoring
4.5.7. Treatment of Metastatic Disease Treatment of Hormonal Hypersecretion

4.6. Neuroendocrine Tumors: Pancreatic Tumors

4.6.1. Epidemiology
4.6.2. Pathologic Anatomy. Histological Degree
4.6.3. Molecular Factors Biomarkers
4.6.4. Clinical Presentation. Carcinoid syndrome
4.6.5. Diagnosis and Staging Prognosis
4.6.6. Localized Disease Treatment Monitoring
4.6.7. Treatment of Metastatic Disease Treatment of Hormonal Hypersecretion Syndromes
4.6.8. Advanced Line Treatment

4.7. Thyroid Cancer

4.7.1. Introduction
4.7.2. Incidence and Epidemiology
4.7.3. Clinical and Diagnostic Aspects
4.7.4. General Aspects of Treatment
4.7.5. Guidelines Recommendations and Level of Evidence

4.8. Differentiated Thyroid Cancer

4.8.1. Diagnosis, Pathological Anatomy and Molecular Biology
4.8.2. Staging and Risk Assessment
4.8.3. Management of Primary Tumor
4.8.4. Management of Advanced Disease
4.8.5. Follow-Up and Long Survivors

4.9. Anaplastic Thyroid Cancer

4.9.1. Diagnosis, Pathological Anatomy and Molecular Biology
4.9.2. Staging and Risk Assessment
4.9.3. Management of Primary Tumor
4.9.4. Management of Advanced Disease
4.9.5. Follow-Up and Long Survivors

4.10. Medullary Thyroid Cancer

4.10.1. Diagnosis, Pathological Anatomy and Molecular Biology
4.10.2. Staging and Risk Assessment
4.10.3. Management of Primary Tumor
4.10.4. Management of Advanced Disease
4.10.5. Follow-Up and Long Survivors

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