حسّن معرفتك في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة من خلال هذا البرنامج، حيث ستجد أفضل المواد التعليمية مع حالات عملية حقيقية. تعرف هنا على أحدث التطورات في التخصص لتتمكن من تنفيذ ممارسات طبية عالية الجودة"

إنه هدف أساسي للبرنامج، تقريب الطالب من معرفة المعلوماتية ونشرها بالفعل في مجالات المعرفة الأخرى، ولكن هذا له حد أدنى من التنفيذ في عالم الطب. على الرغم من أنه لا يزال هناك طريق طويل لنقطعه قبل أن يصبح الطب الجينومي حقيقة واقعة، فمن الضروري تفسير الحجم الهائل للمعلومات السريرية المتاحة حالياً وربطها بالبيانات البيولوجية التي تم إنشاؤها بعد تحليل المعلومات الحيوية. 

في حين أن هذا يمثل تحدياً صعباً، إلا أنه سيسمح باستكشاف آثار التباين الجيني والعلاجات المحتملة بسرعة وبتكلفة منخفضة وبدقة أكبر مما هو ممكن حالياً. البشر ليسوا مؤهلين بشكل طبيعي لإدراك وتفسير التسلسلات الجينية، أو لفهم جميع الآليات والمسارات والتفاعلات التي تحدث داخل الخلية الحية أو لاتخاذ قرارات طبية مع عشرات أو مئات المتغيرات. للمضي قدماً، يلزم وجود نظام ذي قدرة تحليلية خارقة يعمل على تبسيط بيئة العمل ويظهر العلاقات والقرب بين بعض المتغيرات أو غيرها. 

في علم الجينوم وعلم الأحياء، من المسلم به الآن أن الموارد تُنفق بشكل أفضل على تقنيات حسابية جديدة بدلاً من جمع البيانات الخام، وهو أمر ربما يكون هو نفسه في الطب وبالطبع علم الأورام. 

هناك الملايين من البيانات أو المنشورات، ولكن عندما يتم تحليلها من قبل الأطباء أو علماء الأحياء فإن الاستنتاجات تكون ذاتية تماماً فيما يتعلق بالمنشورات أو البيانات المتاحة التي تم تحديد أولوياتها بشكل تعسفي، مما يولد معرفة جزئية، وبالطبع، يكون كل منها بعيداً بشكل متزايد عن المعرفة الجينية والبيولوجية المتاحة والمدعومة بالحساب. لذلك، فإن الخطوة العملاقة في تطبيق الطب الدقيق هي تقليص هذه المسافة من خلال التحليل الشامل للمعلومات الطبية والصيدلانية المتاحة.

قم بتحديث معلوماتك من خلال برنامج علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة "

يحتوي هذا ماجستير خاص في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة على البرنامج العلمي الأكثر اكتمالاً و حداثةً في السوق. ومن أبرز ميزاته:

تطوير أكثر من 75 حالة عملية مقدمة من قبل خبراء في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة. تجمع محتوياتها الرسومية والتخطيطية والعملية البارزة التي يتم تصورها بها المعلومات العلمية والرعاية الصحية حول تلك التخصصات التي لا غنى عنها للممارسة المهنية
آخر الأخبار في علم الأورام الدقيق، وعلم الجينوم و البيانات الضخمة
تحتوي على تدريببات عملية حيث يتم إجراء عملية التقييم الذاتي لتحسين التعليم
نظام تعلم تفاعلي قائم على الخوارزميات لاتخاذ القرار بشأن الحالات السريرية المثارة
مع التركيز بشكل خاص على الطب القائم على الأدلة ومنهجيات البحث في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة
كل هذا سيتم استكماله من قبل الدروس النظري، أسئلة للخبراء، منتديات مناقشة حول موضوعات مثيرة للجدل وأعمال التفكير الفردي
توفر المحتوى من أي جهاز ثابت أو محمول متصل بالإنترنت

قد يكون هذا الماجستير الخاص هو أفضل استثمار يمكنك القيام به في اختيار برنامج تنشيطي لسببين: بالإضافة إلى تحديث معرفتك في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة، ستحصل على شهادة من TECH الجامعة التكنولوجية "

وهي تضم في هيئة التدريس متخصصين ينتمون إلى مجال علم الأورام الدقيق، الذين يصبون في هذا التخصص خبرة عملهم، بالإضافة إلى متخصصين معترف بهم ينتمون إلى جمعيات علمية رائدة.

محتوى الوسائط المتعددة، المُعد بأحدث التقنيات التعليمية سيتيح التعلم المهني والسياقي، بما معناه، بيئة محاكاة ستوفر التعلم الغامر والمبرمج للتدريب في مواقف حقيقية.

يركز تصميم هذا البرنامج على التعلم القائم على حل المشكلات والذي يجب على الطبيب من خلاله محاولة حل مواقف الممارسة المهنية المختلفة التي تنشأ خلال الدورة. للقيام بذلك، سيحصل الطبيب على مساعدة من نظام فيديو تفاعلي مبتكر تم إنشاؤه بواسطة خبراء مشهورين في مجال علم الأورام الدقيق ممن لديهم خبرة تعليمية واسعة.

يسمح لك برنامج الماجستير شهادة خاصة بالتدرب في بيئات محاكاة، والتي توفر تعليماً غامرًا مبرمجًا للتدريب في مواقف حقيقية"

ويشمل الحالات السريرية لتقريب تطوير البرنامج إلى واقع الرعاية الطبية قدر الإمكان"

تم تصميم هيكل المحتويات من قبل فريق من المهنيين من أفضل مراكز المستشفيات والجامعات، مدركين لأهمية التدريب الحالي للتمكن من التدخل في تشخيص وعلاج أمراض الأورام، وملتزمون بجودة التدريس من خلال تقنيات تعليمية جديدة.

يحتوي هذا الماجستير الخاص في علم الأورام الدقيق: علم الجينوم والبيانات الضخمة على البرنامج العلمي الأكثر اكتمالاً و حداثةً في السوق"

الوحدة  1 البيولوجيا الجزيئية

1.1. الآليات الجزيئية للسرطان

1.1.1. دورة الخلية
2.1.1. انفصال الخلايا السرطانية

2.1. إعادة برمجة البيئة المكروية للورم

1.2.1. البيئة المكروية للورم: نظرة عامة
2.2.1. TME كعامل تنبؤي لسرطان الرئة
3.2.1. TME في تطور ورم خبيث لسرطان الرئة

1.3.2.1. الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان (CAF)
2.3.2.1. الخلايا البطانية
3.3.2.1. نقص الأكسجة في سرطان الرئة
4.3.2.1. الالتهاب
5.3.2.1. الخلايا المناعية

4.2.1. مساهمة TME في المقاومة العلاجية

1.4.2.1. مساهمة TME في مقاومة العلاج الإشعاعي

5.2.1. TME كهدف علاجي في سرطان الرئة

1.5.2.1. الاتجاهات المستقبلية

3.1. مناعة الورم: أسس العلاج المناعي للسرطان

1.3.1. مقدمة في جهاز المناعة
2.3.1. مناعة الورم

1.2.3.1. المستضدات المرتبطة بالورم
2.2.3.1. تحديد المستضدات المرتبطة بالورم
3.2.3.1. أنواع المستضدات المرتبطة بالورم

3.3.1. أسس العلاج المناعي في السرطان

1.3.3.1. مقدمة في مناهج العلاج المناعي
2.3.3.1. الأجسام المضادة وحيدة النسيلة في علاج السرطان

1.2.3.3.1. إنتاج الأجسام المضادة وحيدة النسيلة
2.2.3.3.1. أنواع الأجسام المضادة العلاجية
3.2.3.3.1. آليات عمل الجسم المضاد
4.2.3.3.1. الأجسام المضادة المعدلة

4.3.1. مُعدِّلات المناعة غير النوعية

1.4.3.1. عصية Calmette-Guérin
2.4.3.1. مضاد للفيروسات ألفا
3.4.3.1. انترلوكين-2
4.4.3.1. إيميكويمود

5.3.1. مناهج أخرى للعلاج المناعي

1.5.3.1. لقاحات الخلايا المتغصنة
2.5.3.1. سيبوليوسيل- T
3.5.3.1. حصار CTLA-4
4.5.3.1. العلاج بالخلايا التائية بالتبني

1.4.5.3.1. العلاج بالخلايا بالتبني باستنساخ الخلايا التائية
2.4.5.3.1. العلاج بالخلايا بالتبني باستخدام الخلايا الليمفاوية المتسللة إلى الورم

4.1. الآليات الجزيئية المشاركة في عملية الغزو والورم الخبيث

الوحدة  2. علم الأورام الجينومي أو الدقيق

1.2 فائدة التنميط التعبير الجيني في السرطان
2.2. الأنواع الجزيئية لسرطان الثدي
3.2. المنصات الجينومية التنبؤية في سرطان الثدي
4.2. الأهداف العلاجية لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة

1.4.2. مقدمة
2.4.2. تقنيات الكشف الجزيئي
3.4.2. طفرة EGFR
4.4.2. نقل ALK
5.4.2. نقل ROS
6.4.2. طفرة BRAF
7.4.2. إعادة ترتيب NRTK
8.4.2. طفرة HER2
9.4.2. طفرة / التضخيم MET
10.4.2. إعادة ترتيب RET
11.4.2. أهداف جزيئية أخرى

5.2. التصنيف الجزيئي لسرطان القولون
6.2. الدراسات الجزيئية في سرطان المعدة

1.6.2. علاج سرطان المعدة المتقدم
2.6.2. فرط التعبير HER2 في سرطان المعدة المتقدم
3.6.2. تحديد وتفسير فرط التعبير HER2 في سرطان المعدة المتقدم
4.6.2. الأدوية ذات النشاط ضد HER2
5.6.2. تراستوزوماب في الخط الأول من سرطان المعدة المتقدم

1.5.6.2. علاج HER2 + سرطان المعدة المتقدم بعد التقدم إلى أنظمة تراستوزوماب 

6.6.2. نشاط الأدوية الأخرى المضادة لـ HER2 في سرطان المعدة المتقدم

7.2. GIST كنموذج بحث انتقالي: 15 عاما من الخبرة

1.7.2. مقدمة
2.7.2. طفرات KIT و PDGFRA كمحفزين رئيسيين في GIST
3.7.2. النمط الجيني في GIST: القيمة التنبؤية
4.7.2. التركيب الجيني GIST ومقاومة imatinib
5.7.2. الخلاصة

8.2. المؤشرات الحيوية الجزيئية والجينومية في الورم الميلانيني
9.2. التصنيف الجزيئي لأورام المخ
10.2. المؤشرات الحيوية الجزيئية والجينومية في الورم الميلانيني
11.2. العلاج المناعي والعلامات الحيوية

1.11.2. سيناريو العلاجات المناعية في علاج السرطان والحاجة إلى تحديد المظهر الطفري للورم
2.11.2. العلامات الحيوية لمثبط نقطة السيطرة: PD-L1 وما بعده

1.2.11.2. دور PD-L1 في تنظيم المناعة
2.2.11.2. بيانات التجارب السريرية والعلامة الحيوية PD-L1
3.2.11.2. عتبات ومقايسات تعبير PD-L1: صورة معقدة
4.2.11.2. المؤشرات الحيوية الناشئة

1.4.2.11.2. حمل الورم الطفري (TMB)

1.1.4.2.11.2. القياس الكمي للحمل الطفري للورم
2.1.4.2.11.2. دليل على الحمل الطفري للورم
3.1.4.2.11.2. حمل الورم كعلامة حيوية تنبؤية
4.1.4.2.11.2. حمل الورم كمؤشر بيولوجي تنبؤي
5.1.4.2.11.2. مستقبل الحمل الطفري

2.4.2.11.2. عدم استقرار الأقمار الجزيئية
3.4.2.11.2. تحليل تسلل جهاز المناعة
4.4.2.11.2. علامات السمية

3.11.2. تطوير أدوية نقاط السيطرة المناعية في السرطان
4.11.2. الأدوية المتاحة

الوحدة  3. التغييرات في الممارسة السريرية الحالية والتطبيقات الجديدة مع علم الأورام الجينومي

1.3. الخزعات السائلة: موضة أم مستقبل؟

1.1.3. مقدمة
2.1.3. خلايا سرطانية متداولة
3.1.3. ctDNA
4.1.3. المنفعة السريرية
5.1.3. حدود ctDNA
6.1.3. الاستنتاجات والمستقبل

2.3. دور البنك الحيوي في البحث السريري

1.2.3. مقدمة
2.2.3. هل يستحق الأمر بذل الجهد لإنشاء بنك حيوي؟
3.2.3. كيف يمكنك البدء في إنشاء بنك حيوي؟
4.2.3. الموافقة المستنيرة للبنك الحيوي
5.2.3. أخذ العينات للبنوك الحيوية
6.2.3. التحكم بالجودة
7.2.3. الوصول إلى العينات

3.3. التجارب السريرية: مفاهيم جديدة تعتمد على الطب الدقيق

1.3.3. ما هي التجارب السريرية؟ كيف تختلف عن الأنواع الأخرى من التحقيقات؟

1.1.3.3. أنواع التجارب السريرية

1.1.1.3.3. حسب أهدافها
2.1.1.3.3. حسب عدد المراكز المشاركة
3.1.1.3.3. حسب منهجيتها
4.1.1.3.3. حسب درجة اخفاءها

2.3.3. نتائج التجارب السريرية في أورام الصدر

1.2.3.3. تتعلق بوقت البقاء على قيد الحياة
2.2.3.3. النتائج المتعلقة بالورم
3.2.3.3. نتائج المريض المبلغ عنها

3.3.3. التجارب السريرية في عصر الطب الدقيق

1.3.3.3. الطب الدقيق
2.3.3.3. المصطلحات المتعلقة بتصميم التجارب في عصر الطب الدقيق

3.4. دمج علامات قابلة للتنفيذ في الممارسة السريرية
3.5. تطبيق علم الجينوم في الممارسة السريرية حسب نوع الورم
3.6. أنظمة دعم القرار في علم الأورام تعتمد على الذكاء الاصطناعي

الوحدة  4. استخدام Unix و Linux في المعلوماتية الحيوية

1.4. مقدمة لنظام التشغيل Linux

1.1.4. ما معنى نظام تشغيل؟
2.1.4. فوائد استخدام Linux

4.2. بيئة Linux والتثبيت

1.2.4. توزيعات Linux
2.2.4. تثبيت Linux باستخدام USB
3.2.4. تثبيت Linux باستخدام قرص مضغوط
4.2.4. تثبيت Linux باستخدام جهاز افتراضي

1.4. خط الأوامر

1.3.4. مقدمة
2.3.4. ما هو سطر الأوامر؟
3.3.4. العمل في المحطة
4.3.4. Shell, Bash

4.4. تصفح أساسي

1.4.4. مقدمة
2.4.4. كيف تعرف الموقع الحالي؟
3.4.4 المسارات المطلقة والنسبية
4.4.4 كيف تتحرك في النظام؟

5.4. التلاعب بالملف

1.5.4 مقدمة
2.5.4 كيف نبني دليلا؟
3.5.4. كيف تنتقل إلى الدليل؟
4.5.4 كيفية إنشاء ملف فارغ؟
5.5.4 نسخ ملف ودليل
6.5.4 مسح ملف ودليل

4.6. محرر نصوص Vi

1.6.4 مقدمة
2.6.4 كيف تسجل وتخرج؟
3.6.4 كيف تتنقل في ملف في محرر نصوص Vi؟
4.6.4 حذف المحتوى
5.6.4 أمر التراجع

7.4. البدل

1.7.4. مقدمة
2.7.4. ما هو البدل؟
3.7.4. أمثلة عن البدل

8.4. أذونات

1.8.4. مقدمة
2.8.4. كيف ترى أذونات الملف؟
3.8.4. كيف تغير الأذونات؟
4.8.4. إعدادات الأذونات
5.8.4. أذونات الدليل
6.8.4. المستخدم»Root"

9.4. فلاتر

1.9.4. مقدمة
2.9.4. ترويسة
3.9.4. ذيل
4.9.4. نوع
5.9.4. nl
6.9.4. wc
7.9.4. قص
8.9.4. Sed
9.9.4. فريد
10.9.4. Tac
11.9.4. فلاتر اخرى

10.4. التعبيرات الجبرية والنمطية
1.10.4 مقدمة
2.10.4 eGrep
3.10.4 التعبيرات النمطية
4.10.4 بعض الأمثلة

4.11. خطوط  وإعادة التوجيه

1.11.4. مقدمة
2.11.4. إعادة التوجيه إلى ملف
3.11.4. حفظ الملف
4.11.4. إعادة التوجيه من الملف
5.11.4. إعادة توجيه STDERR
6.11.4. خطوط 

4.12. ادارة العمليات

1.12.4. مقدمة
2.12.4. العمليات النشطة
3.12.4. أغلق عملية فاسدة
4.12.4. عمل المقدمة والخلفية

13.4. Bash

1.13.4 مقدمة
2.13.4 نقاط مهمة
3.13.4 لماذا نستخدم»./»؟
4.13.4 المتغيرات
5.13.4 الإعلانات

الوحدة  5. تحليل البيانات في مشاريع البيانات الضخمة: لغة البرمجة R

1.5. مقدمة في لغة البرمجة R

1.1.5. ما هو R؟
2.1.5. تثبيت R وواجهة R الرسومية
3.1.5. الحزم

1.3.1.5. الحزم القياسية
2.3.1.5. الحزم المساهمة و CRAN

2.5. الميزات الأساسية لـ R

1.2.5. البيئة R
2.2.5. البرامج والوثائق ذات الصلة
3.2.5. R والإحصاءات
4.2.5. R ونظام النافذة
5.2.5. استخدام R بشكل تفاعلي
6.2.5. جلسة تمهيدية
7.2.5. الحصول على المساعدة في الوظائف والميزات
8.2.5. .أوامر R وحساسية حالة الأحرف وما إلى ذلك.
9.2.5. استعادة وتصحيح الأوامر السابقة
10.2.5. تشغيل الأوامر أو تحويل الإخراج إلى ملف
11.2.5. استمرار البيانات وحذف الكائن

3.5. أنواع الكائنات R

1.3.5 تلاعب بسيط الأرقام والمتجهات

1.1.3.5. ناقلات والتكليف
2.1.3.5. ناقلات الحساب
3.1.3.5. توليد تسلسلات منتظمة
4.1.3.5. ناقلات منطقية
5.1.3.5. قيم مفقودة
6.1.3.5. ناقلات الأحرف
7.1.3.5. نواقل الفهرس

1.7.1.3.5 اختيار وتعديل مجموعات فرعية من مجموعة البيانات

8.1.3.5. أنواع أخرى من الأهداف

2.3.5. الكائنات وطرقها وصفاتها

1.2.3.5. السمات الجوهرية: الوضع والطول
2.2.3.5. تغيير طول الكائن
3.2.3.5. الحصول على السمات وتعيينها
4.2.3.5. فئة الكائن

3.3.5 العوامل المنظمة والمضطربة

1.3.3.5. مثال محدد
2.3.3.5. دالة tapply () والمصفوفات غير المتكافئة
3.3.3.5. عوامل مرتبة

4.3.5. المصفوفات

1.4.3.5. المصفوفات
2.4.3.5. فهرسة المصفوفة. الأقسام الفرعية من المصفوفة
3.4.3.5. صفائف الفهرس
4.4.3.5. دالة المصفوفة ()
5.4.3.5. متجه مختلط وحساب المصفوفة. قاعدة إعادة التدوير
6.4.3.5. الناتج الخارجي لمصفوفتين
7.4.3.5. تبديل معمم لمصفوفة
8.4.3.5. ضرب المصفوفة
9.4.3.5. القيم الذاتية والمتجهات الذاتية
10.4.3.5. تحلل القيم والمحددات الفردية
11.4.3.5. تشكيل مصفوفات مقسمة و cbind () و rbind ()
12.4.3.5. دالة التسلسل، c ()، مع المصفوفات

5.3.5. جداول تردد العامل
6.3.5. القوائم

1.6.3.5. بناء وتعديل القوائم
2.6.3.5. قوائم التسلسل

3.75. إطارات البيانات

1.7.3.5. كيف يتم إنشاء إطارات البيانات؟
2.7.3.5. إرفاق () وفصل ()
3.7.3.5. العمل مع إطارات البيانات

4.5. قراءة وكتابة البيانات

1.4.5. وظيفة reaأ.table ()
2.4.5. وظيفة المسح ()
3.4.5. الوصول إلى مجموعات البيانات المضمنة
4.4.5. تحميل البيانات من حزم R أخرى
5.4.5. تحرير البيانات

5.5. التجميع والحلقات والتنفيذ المشروط

1.5.5. عبارات مجمعة
2.5.5. بيانات التحكم

1.2.5.5. التنفيذ المشروط: عبارات IF
2.2.5.5. التنفيذ المتكرر: للحلقات والتكرار والوقت

5.6. كتابة المهام الخاصة بك

1.6.5. أمثلة بسيطة
2.6.5. تحديد عوامل ثنائية جديدة
3.6.5. الوسيطات المسماة والقيم الافتراضية
4.6.5 الحجة»..."
5.6.5 الواجبات داخل الوظائف

الوحدة  6. البيئة الرسومية في R

1.6. إجراءات الرسم

1.1.6. أوامر مؤامرة عالية المستوى

1.1.1.6. وظيفة المؤامرة ()
2.1.1.6. تصور البيانات متعدد المتغيرات
3.1.1.6. رسومات الشاشة
4.1.1.6. الحجج لوظائف التتبع عالية المستوى

2.1.6. أوامر مؤامرة منخفضة المستوى

1.2.1.6. تدوين رياضي
2.2.1.6. خطوط ناقلات هيرشي

3.1.6. التفاعل مع الرسومات
4.1.6. استخدام المعلمات الرسومية

1.4.1.6. تغييرات دائمة: دالة التكافؤ ()
2.4.1.6. التغييرات المؤقتة: وسيطات وظائف الرسم البياني

5.1.6. قائمة معلمات الرسم

1.5.1.6. العناصر الرسومية
2.5.1.6. المحاور والعلامات
3.5.1.6. هوامش الشكل
4.5.1.6. بيئة متعددة الشخصيات

6.1.6. الإحصاء الوصفي: تمثيلات رسومية

الوحدة  7. التحليل الإحصائي في R

1.7. التوزيعات الاحتمالية المنفصلة
2.7. التوزيعات الاحتمالية المستمرة
3.7. مقدمة في الاستدلال وأخذ العينات (تقدير النقاط)
4.7. فترات الثقة
5.7. اختبارات الفرضيات
6.7. ANOVA اتجاه واحد
7.7. جودة الملاءمة (اختبار chi مربع)
8.7 حزمة fitdist
9.7. مقدمة في الإحصاء متعدد المتغيرات

الوحدة  8. التعلم الآلي لتحليل البيانات الضخمة

1.8. مقدمة إلى التعليم التعلم الالي
2.8. عرض المشكلة وتحميل البيانات والمكتبات
3.8 تنظيف البيانات (NAs، الفئات، المتغيرات الوهمية)
4.8. تحليل البيانات الاستكشافية (ggPlot) + التحقق من الصحة
5.8. خوارزميات التنبؤ: الانحدار الخطي المتعدد، آلة المتجهات الداعمة، أشجار الانحدار، الغابة العشوائية، إلخ.
6.8. خوارزميات التصنيف: الانحدار الخطي المتعدد، آلة المتجهات الداعمة، أشجار الانحدار، الغابة العشوائية، إلخ.
7.8. ضبط خوارزمية فرط المعلمة
8.8. توقع البيانات مع النماذج المختلفة
9.8. منحنيات ROC ومصفوفات الارتباك لتقييم جودة النموذج

الوحدة  9. تنقيب البيانات المطبقة على علم الجينوم

1.9. مقدمة
2.9. التهيئة المتغيرة
3.9. تنظيف النص وتكييفه
4.9. إنشاء مصفوفة المصطلحات

1.4.9. إنشاء مصفوفة مصطلح TDM
2.4.9. تصورات على مصفوفة الكلمات TDM

5.9. وصف مصفوفة المصطلح

1.5.9. تمثيل رسومي للترددات
2.5.9. بناء سحابة كلمات

6.9. إنشاء إطار بيانات مناسب لـ K-NN
7.9. بناء نموذج التصنيف
8.9 التحقق من صحة نموذج التصنيف
9.9. تمرين عملي موجه على استخراج بيانات الجينوميات السرطانية

الوحدة  10. تقنيات استخراج البيانات الجينومية

1.10 مقدمة إلى»تجميع البيانات"
2.10. استيراد ملفات بيانات جداول البيانات المخزنة على الإنترنت
3.10. تجميع نص HTML
4.10. جميع البيانات من جدول HTML
5.10. الاستفادة من واجهات برمجة التطبيقات لتجميع البيانات
6.10. استخراج المعلومات ذات الصلة
7.10. استخدام حزمة R rvest
8.10. الحصول على البيانات المنتشرة عبر صفحات متعددة
9.10. استخراج البيانات الجينومية من منصة»My Cancer Genome"
10.10. استخراج المعلومات عن الجينات من قاعدة البيانات»HGNC HUGO Gene Nomenclature Committee"
11.10. استخراج البيانات الدوائية من قاعدة بيانات»OncoKB" (قاعدة المعارف الدقيقة لعلم الأورام)

الوحدة  11. تقنيات جديدة في العصر الجينومي

1.11 فهم التكنولوجيا الجديدة: تسلسل الجيل التالي (NGS) في الممارسة السريرية

1.1.11. مقدمة
2.1.11. خلفية
3.1.11. مشاكل في تطبيق تسلسل سانجر في علم الأورام
4.1.11. تقنيات التسلسل الجديدة
5.1.11. مزايا استخدام NGS في الممارسة السريرية
6.1.11. حدود استخدام NGS في الممارسة السريرية
7.1.11. مصطلحات وتعريفات الفائدة
8.1.11. أنواع الدراسات على أساس حجمها وعمقها

1.8.1.11. الجينوم
2.8.1.11. إكسوم
3.8.1.11. لوحات متعددة الجينات

9.1.11. مراحل تسلسل NGS

1.9.1.11. إعداد العينات والمكتبات
2.9.1.11. إعداد النموذج وتسلسله
3.9.1.11. معالجة المعلوماتية الحيوية

10.1.11. شرح وتصنيف المتغيرات

1.10.1.11. قواعد البيانات السكانية
2.10.1.11. قواعد بيانات خاصة بالمواقع
3.10.1.11. تنبئ المعلوماتية الحيوية للوظائف

11.2. تسلسل الحمض النووي وتحليل المعلومات الحيوية

1.2.11. مقدمة
2.2.11. برمجة
3.2.11. المعالجة

1.3.2.11. استخراج المتواليات الخام
2.3.2.11. محاذاة التسلسل
3.3.2.11. صقل المحاذاة
4.3.2.11. استدعاء المتغيرات 
5.3.2.11. التصفية المتغيرة

3.11 تسلسل الحمض النووي الريبي وتحليل المعلومات الحيوية

1.3.11. مقدمة
2.3.11. برمجة
3.3.11. المعالجة

1.3.3.11. تقييم مراقبة الجودة للبيانات الخام
2.3.3.11. تصفية RNAr
3.3.3.11. بيانات متسربة لضمان الجودة
4.3.3.11. جودة القص وإزالة المحول
5.3.3.11. محاذاة القراءة لمرجع
6.3.3.11. استدعاء المتغيرات
7.3.3.11. تحليل التعبير الجيني التفاضلي

4.11. تقنية ChIP-seq

1.4.11. مقدمة
2.4.11. برمجة
3.4.11. المعالجة

1.3.4.11. وصف مجموعة بيانات ChIP-seq
2.3.4.11. الحصول على معلومات حول التجربة باستخدام مواقع GEO و SRA
3.3.4.11. مراقبة جودة تسلسل البيانات
4.3.4.11. قص وتصفية القراءات
5.3.4.11. تصور النتائج باستخدام متصفح الجينوم المتكامل (IGV)

5.11 البيانات الضخمة  المطبقة على علم الأورام الجينومي

1.5.11 عملية تحليل البيانات

6.11 الخوادم الجينومية وقواعد بيانات المتغيرات الجينية

1.6.11. مقدمة
2.6.11. خوادم الويب الجينومية
3.6.11. بنية خادم الجينوميات
4.6.11. استعادة البيانات وتحليلها
5.6.11. إضفاء الطابع الشخصي

7.11. شرح المتغيرات الجينية

1.7.11 مقدمة
2.7.11 ما هو الاتصال البديل؟
3.7.11 فهم تنسيق VCF
4.7.11 المعرفات المتغيرة
5.7.11 تحليل المتغيرات
6.7.11 توقع تأثير الاختلاف في بنية البروتين ووظيفته

الوحدة 12. تطبيق المعلوماتية الحيوية في علم الأورام الجينومي

1.12 الإثراء السريري والدوائي للمتغيرات الجينية
2.12 بحث مكثف في PubMed عن معلومات الجينوم
3.12 بحث شامل في DGIdb عن المعلومات الجينومية
4.12. بحث التجارب السريرية الضخمة عن التجارب السريرية على البيانات الجينومية
5.12 البحث عن التشابه الجيني لتفسير لوحة وراثية أو إكسوم
6.12 بحث مكثف عن الجينات المرتبطة بالأمراض
7.12 Enrich-Gen: منصة إثراء الجينات السريرية والدوائية
8.12 إجراءات الإبلاغ الجينومي في عصر الأورام الدقيقة

تجربة تدريبية فريدة ومهمة وحاسمة لتعزيز تطورك المهني"