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Module 1. Introduction à la Nutrition Génomique et de Précision en Soins Infirmiers 

1.1. Le génome humain 

1.1.1. La découverte de l'ADN 
1.1.2. L'année 2001 
1.1.3. Le projet du génome humain 

1.2. Variations relatives à la nutrition 

1.2.1. Les variations génomiques et la recherche de gènes de maladie 
1.2.2. Facteurs environnementaux et génétiques et héritabilité 
1.2.3. Différences entre SNP, mutations et CNV

1.3. Le génome des maladies rares et complexes 

1.3.1. Exemples de maladies rares
1.3.2. Exemples de maladies complexes
1.3.3. Génotype et phénotype

1.4. Médecine de précision 

1.4.1. Influence de la génétique et des facteurs environnementaux sur les maladies complexes
1.4.2. Le besoin de précision Le problème de l'héritabilité manquante. Le concept d'interaction

1.5. Nutrition de précision vs. nutrition communautaire  

1.5.1. Les principes de l'épidémiologie nutritionnelle
1.5.2. Bases actuelles de la recherche en nutrition
1.5.3. Plans d'expérience en nutrition de précision

1.6. Niveaux de preuve scientifique 

1.6.1. Pyramide épidémiologique 
1.6.2. Règlement
1.6.3. Directives officielles 

1.7. Consortiums et grandes études en nutrition humaine et en nutrition génomique 

1.7.1. Projet Precision4Health  
1.7.2. Framingham 
1.7.3. PREDIMED 
1.7.4. CORDIOPREV 

1.8. Études Européennes actuelles 

1.8.1. PREDIMED Plus 
1.8.2. NU-AGE 
1.8.3. FOOD4me
1.8.4. EPIC 

Module 2. Techniques de laboratoire pour la Nutrition Génomique 

2.1. Le laboratoire pour la nutrition génomique 

2.1.1. Instructions de base 
2.1.2. Matériaux de base
2.1.3. Accréditations requises dans l'UE

2.2. Extraction de l'ADN 

2.2.1. De la salive
2.2.2. Du sang
2.2.3. À partir d'autres tissus

2.3. PCR en temps réel 

2.3.1. Introduction-historique de la méthode
2.3.2. Protocoles de base utilisés
2.3.3. Les équipements les plus couramment utilisés

2.4. Séquençage 

2.4.1. Introduction-historique de la méthode
2.4.2. Protocoles de base utilisés
2.4.3. Les équipements les plus couramment utilisés

2.5. High-throughput 

2.5.1. Introduction-historique de la méthode
2.5.2. Exemples d'études humaines

2.6. Expression génique-Génomique-Transcriptomique 

2.6.1. Introduction-historique de la méthode 
2.6.2. Microarrays 
2.6.3. Cartes microfluidiques  
2.6.4. Exemples d'études humaines 

2.7. Les technologies omiques et leurs biomarqueurs 

2.7.1. Épigénomique 
2.7.2. Protéomique 
2.7.3. Métabolomique 
2.7.4. Métagénomique 

2.8. Analyse bioinformatique 

2.8.1. Logiciels et outils bioinformatiques pré et post-informatiques 
2.8.2. GO terms, Clustering des données de ADN microarrays 
2.8.3. Functional enrichment, GEPAS, Babelomics 

Module 3. Biostatistiques pour la Nutrition Génomique 

3.1. Biostatistique 

3.1.1. Méthodologie des études humaines 
3.1.2. Introduction à la conception expérimentale
3.1.3. Études cliniques 

3.2. Aspects statistiques d'un protocole

3.2.1. Introduction, objectifs, description des variables 
3.2.2. Variables quantitatives 
3.2.3. Variables qualitatives 

3.3. Conception d'études cliniques humaines, directives méthodologiques 

3.3.1. Plans 2x2 à 2 traitements 
3.3.2. Plans 3x3 à 3 traitements 
3.3.3. Conception parallèle, croisée et adaptative
3.3.4. Détermination de la taille de l'échantillon et analyse de la puissance 

3.4. Évaluation de l'effet du traitement 

3.4.1. Pour les plans parallèles, les mesures répétées, les plans croisés
3.4.2. Randomisation de l'ordre d'affectation des traitements 
3.4.3. Effet de report (wash out) 

3.5. Statistiques descriptives, tests d'hypothèses, calcul du risque 

3.5.1. Consort, populations 
3.5.2. Populations étudiées 
3.5.3. Groupe de contrôle 
3.5.4. Types d'études pour l'analyse de sous-groupes 

3.6. Erreurs statistiques 

3.6.1. Erreurs de mesure 
3.6.2. Erreur aléatoire 
3.6.3. Erreur systématique 

3.7. Biais statistiques 

3.7.1. Biais de sélection 
3.7.2. Biais d'observation 
3.7.3. Partialité de l'affectation 

3.8. Modélisation statistique 

3.8.1. Modèles pour les variables continues 
3.8.2. Modèles pour les variables catégorielles 
3.8.3. Modèles mixtes linéaires 
3.8.4. Données manquantes, flux de participants, présentation des résultats  
3.8.5 Ajustement des valeurs de base, transformation de la variable de réponse: différences, ratios, logarithmes, évaluation du report 

3.9. Modélisation statistique avec co-variables 

3.9.1. ANCOVA 
3.9.2. Régression logistique pour les variables binaires et de comptage 
3.9.3. Analyse multi-variable 

3.10. Logiciels statistiques 

3.10.1. R 
3.10.2. SPSS 

Module 4. Nutrigénétique I

4.1. Autorités et Organisations en matière de nutrigénétique 

4.1.1. NUGO 
4.1.2. ISNN 
4.1.3. Comités d'évaluation 

4.2. Les études GWAS I 

4.2.1. Génétique des populations-Conception et utilisation 
4.2.2. Loi de Hardy-Weinberg 
4.2.3. Déséquilibre de liaison 

4.3. GWAS II 

4.3.1. Fréquences alléliques et génotypiques 
4.3.2. Études d'association gène-maladie 
4.3.3. Modèles d'association (dominant, récessif, co-dominant)  
4.3.4. Scores génétiques 

4.4. La découverte de SNP liés à la nutrition 

4.4.1. Études de conception clés 
4.4.2. Principaux résultats 

4.5. La découverte de SNP associés à des maladies dépendantes du régime alimentaire (diet-depended) 

4.5.1. Maladies cardiovasculaires 
4.5.2. Diabetes Mellitus type II 
4.5.3. Syndrome métabolique 

4.6. Principaux GWAS liés à l'obésité 

4.6.1. Forces et faiblesses 
4.6.2. L'exemple de la FTO 

4.7. Contrôle circadien de la consommation

4.7.1. L'axe cerveau-intestin  
4.7.2. Bases moléculaires et neurologiques de la connexion entre le cerveau et l'intestin 

4.8. Chronobiologie et nutrition 

4.8.1. L'horloge centrale 
4.8.2. Horloges périphériques 
4.8.3. Hormones du rythme circadien  
4.8.4. Le contrôle de la prise alimentaire (leptine et ghréline) 

4.9. SNP liés aux rythmes circadiens 

4.9.1. Mécanismes de régulation de la satiété 
4.9.2. Hormones et contrôle de l'ingestion 
4.9.3. Voies possibles impliquées 

Module 5. Nutrigénétique II-polymorphismes clés 

5.1. SNP liés à l'obésité 

5.1.1. L'histoire du "Singe Obèse"
5.1.2. Hormones de l'appétit 
5.1.3. Thermogénèse 

5.2. SNP liés aux vitamines 

5.2.1. Vitamine D 
5.2.2. Vitamine du complexe B 
5.2.3. Vitamine E 

5.3. NNS liée à l'exercice 

5.3.1. Force et concurrence 
5.3.2. Performances sportives 
5.3.3. Récupération/prévention des blessures 

5.4. SNP liés au stress oxydatif/à la détoxification 

5.4.1. Gènes codant pour une enzyme 
5.4.2. Processus anti-inflammatoires 
5.4.3. Phase I+II de la désintoxication 

5.5. SNP liés à la toxicomanie 

5.5.1. Caféine 
5.5.2. Alcool 
5.5.3. Sel 

5.6. SNP liés au goût 

5.6.1. Goût sucré 
5.6.2. Goût salé 
5.6.3. Goût amer 
5.6.4. Goût acide 

5.7. SNP vs. allergies vs. intolérances 

5.7.1. Lactose 
5.7.2. Gluten 
5.7.3. Fructose 

5.8. L'étude SPFS 

Module 6. Nutrigénétique III

6.1. SNP prédisposant à des maladies complexes liées à la nutrition-Scores de risque génétique (SRG) 
6.2. Diabète de type II 
6.3. Hypertension artérielle 
6.4. Artériosclérose 
6.5. Hyperlipidémie 
6.6. Cancer 
6.7. Le concept d'exposome 
6.8. Le concept de flexibilité métabolique 
6.9. Études actuelles-Défis pour l'avenir 

Module 7. Nutrigénomique 

7.1. Différences et similitudes avec la nutrigénétique 
7.2. Composants bioactifs de l'alimentation sur l'expression génétique 
7.3. L'effet des micro-et macro-nutriments sur l'expression génétique
7.4. L'effet des habitudes alimentaires sur l'expression des gènes 

7.4.1. L'exemple du régime méditerranéen

7.5. Principales études sur l'expression des gènes 
7.6. Gènes liés à l'inflammation 
7.7. Gènes liés à la sensibilité à l'insuline
7.8. Gènes liés au métabolisme des lipides et à la différenciation du tissu adipeux 
7.9. Gènes liés à l'athérosclérose
7.10. Gènes liés au système myosquelettique 

Module 8. Métabolomique-protéomique 

8.1. Protéomique 

8.1.1. Principes de la protéomique 
8.1.2. Le déroulement d'une analyse protéomique 

8.2. Métabolomique 

8.2.1. Les principes de la métabolomique 
8.2.2. Métabolomique ciblée 
8.2.3. Métabolomique non ciblée 

8.3. Le microbiome/microbiote 

8.3.1. Données sur le microbiome 
8.3.2. La composition du microbiote humain 
8.3.3. Entérotypes et régime alimentaire 

8.4. Les principaux profils métabolomiques 

8.4.1. Application au diagnostic des maladies 
8.4.2. Microbiote et syndrome métabolique 
8.4.3. Microbiote et maladies cardiovasculaires. L'effet du microbiote oral et intestinal 

8.5. Microbiote et maladies neurodégénératives 

8.5.1. Alzheimer 
8.5.2. La maladie de Parkinson 
8.5.3. SLA 

8.6. Microbiote et maladies neuropsychiatriques 

8.6.1. Schizophrénie 
8.6.2. Anxiété, dépression, autisme 

8.7. Microbiote et obésité 

8.7.1. Entérotypes 
8.7.2. Études actuelles et état des connaissances

Module 9. Épigénétique 

9.1. Histoire de l'épigénétique-La façon dont je me nourris-Mon héritage pour mes petits-enfants 
9.2. Épigénétique et épigénomique 
9.3. Méthylation 

9.3.1. Exemples: folate et choline, génistéine 
9.3.2. Exemples de zinc, sélénium, vitamine A, restriction des protéines 

9.4. Modification des histones

9.4.1. Exemples: butyrate, isothiocyanates, folate et choline 
9.4.2. Exemples d'acide rétinoïque, de restriction protéique  

9.5. MicroRNA 

9.5.1. Biogénèse des micro-ARN chez l'homme 
9.5.2. Mécanismes d'action-processus qu'ils régulent 

9.6. Nutrimiromics 

9.6.1. Micro-ARN modulés par le régime alimentaire 
9.6.2. MicroARNs impliqués dans le métabolisme 

9.7. Rôle des micro-ARN dans les maladies 

9.7.1. Les micro-ARN dans la tumorogénèse 
9.7.2. Les micro-ARN dans l'obésité, le diabète et les maladies cardiovasculaires 

9.8. Variantes de gènes qui génèrent ou détruisent les sites de liaison des micro-ARN 

9.8.1. Études majeures 
9.8.2. Résultats dans les maladies humaines 

9.9. Méthodes de détection et de purification de Micro-ARN

9.9.1. Micro-ARN circulants 
9.9.2. Méthodes de base utilisées 

Module 10. L'état actuel du marché 

10.1. Tests DTC (Direct-to-consumer) 

10.1.1. Avantages et inconvénients 
10.1.2. Mythes des premiers CPT 

10.2. Critères de qualité d'un test nutrigénétique 

10.2.1. Sélection de SNP 
10.2.2. Interprétation des résultats 
10.2.3. Accréditation des laboratoires 

10.3. Professionnels de la santé 

10.3.1. Besoins de formation 
10.3.2. Critères des professionnels appliquant la Nutrition Génomique 

10.4. La nutrigénomique dans la presse 
10.5. Intégration des preuves pour des conseils nutritionnels personnalisés 
10.6. Analyse critique de la situation actuelle 
10.7. Travail de discussion 
10.8. Conclusions, utilisation de la Nutrition Génomique et de Précision en Soins Infirmiers comme moyen de prévention    

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